Elupaikade majandamise eesmärk on leida parim võimalik kombinatsioon inimasustuse ja looduse vahel. Metsloomade kaitsetoimingud aitavad säilitada tasakaalu, kaitstes ohustatud taimi ja loomi inimeste sekkumise eest. Seevastu paljudes metsamajandusprogrammides kasutatakse inimese sekkumist selleks, et kiirendada kasvuprotsesse, mille loomulikuks toimumiseks kuluks aastakümneid või isegi sajandeid. Aeg-ajalt ohustab loomade või taimede tegevus inimkonda ja nendel juhtudel taastavad tasakaalu metsloomade majandamise organisatsioonid.
Sageli kasutatakse ohustatud liikide territooriumide kaitseks elupaikade haldamise meetodeid. Näiteks Lõuna-Aafrika Fynbose põõsastik on metsatulekahju tõttu koduks paljudele liikidele, mis on nende karmide tingimustega spetsiaalselt kohanenud. Paljusid neist liikidest ei leidu kusagil mujal maailmas. Nende taimede ja loomade ellujäämise tagamiseks tehakse suurt hoolt, et vältida inimeste suhtlemist selle piirkonnaga.
Suunatumate metsloomade säilitamise algatuste puhul võib looma päästmiseks olla vajalik inimlik tegevus. Sellistel juhtudel võib ohustatud liigi esindajaid püüda ja paigutada tehiskeskkonda kaitse ja paljunemise eesmärgil. Seda tüüpi programmi kavandatud tulemuseks on tavaliselt elujõuliste tõukogumite taastamine. Paljudel juhtudel on lõppeesmärk liigi taasasustamine selle looduslikku elupaika.
Suure puude kasvuala elupaikade majandamist nimetatakse sageli metsa majandamiseks. Kuigi seda tüüpi kaitse keskpunktiks on selgelt puud, laiendatakse jõupingutusi regulaarselt, et hõlmata nende alade pakutavaid taimede ja loomade elupaiku. Põhja-Ameerikas uurib metsamajandamine peamiselt lehtpuistuid, kuid põhimõtteid saab laiendada ka vihmametsadele ja džunglitele.
Metsaelupaikade majandamise standardne ökoloogiline eesmärk on kasvumuster, mida nimetatakse kõrgmetsaks. Selles ökosüsteemis on esindatud kõik puude kasvufaasid, alates istikutest kuni surnud kukkumiseni. Lisaks on looma- ja taimestik rikkalik ja vaheldusrikas. Kui see oleks häirimatu, tekiksid kõrged metsaelustikud looduslikult. Ettevaatlike metsamajandamistavade, nagu selektiivne metsatöö, abil saab seda tüüpi elustikut säilitada ja täiustada.
Harvadel juhtudel on elupaikade majandamise eesmärk hoida loomi inimpopulatsioone ja vara ohustamast. Mõnes piirkonnas on näiteks kontrollimatu paljunemine, piiratud jahipidamine ja juurdepääs inimtoidule viinud valgesabahirvede ülepopulatsioonini. Selle tulemusena on hirvede ja sõidukite õnnetustest tingitud varakahjude ja vigastuste arv järsult kasvanud. Sagenenud on ka hirvede söötmisest tingitud märkimisväärsete saagikahjustuste esinemine. Kohalike looduskaitsebüroode vastused hõlmavad loomade ümberpaigutamise programme ja pikemaid jahihooaegu.