Valitsuse seadused ja määrused on märgalade kaitse peamised allikad. Need hõlmavad kõike alates USA puhta vee seadusest kuni programmideni, mis ostavad märgalasid eraomanikelt, kuni avalikkuse harimiseni. Enne seda tüüpi keskkonnaseaduste kehtestamist hävitati paljud märgalad, samas kui veelgi rohkem oli ohus. Märgalade kaitseks loodud eeskirjad pärinevad tavaliselt föderaal-, osariigi- ja kohalikelt jurisdiktsioonidelt ning nende juhtorganitelt.
Üks kõige ulatuslikumaid programme, mis aitab märgalasid kaitsta, pärineb USA valitsuse poolt puhta vee seaduse vastuvõtmisest. Kokkuvõttes on need õigusaktid mõeldud kõigi USA veekogude kaitsmiseks, kuid see sisaldab ka eeskirju, mis kehtivad konkreetselt märgalade kohta. Puhta vee seaduse üks olulisemaid aspekte märgalade osas on eeskirjad, mis tagavad, et nendele aladele voolavaid lisajõgesid tuleb uurida lähtuvalt sellest, milline võib olla nende mõju vastuvõtvatele veekogudele. Mõnel juhul võib oja või oja vastuvõetav reostuse tase nende tekkekohas olla märgala ökosüsteemile laastav. Seda tüüpi “suure pildi” õigusaktid aitavad kaitsta soosid ja märgalasid sissetuleva reostuse eest.
Teist tüüpi valitsuse toetatud märgalade kaitse tuleneb maaomanikele pakutavatest stiimulitest, et nad annetaksid või müüksid oma märgalasid valitsustele või erakeskkonnaprogrammidele. Pärast nende programmide osana saab märgalade kasutamist ja ökosüsteeme täpsemalt jälgida. Lisaks rahalisele tulule, mis saadakse märgala otsemüügist kaitseagentuurile, pakutakse maaomanikele sageli atraktiivseid maksusoodustusi. Teist tüüpi stiimulid hõlmab märgalade eraomaniku määramist oma vara valitsejaks. Tehes koostööd valitsusasutustega, et tagada oma märgalade kaitse, võib maaomanik saada sihtfinantseerimist, et aidata kaitsta ja parandada vara, säilitades samas omandiõiguse.
Paljudel juhtudel muutuvad riigi- või erakeskkonnaagentuuridele müüdavad märgalad kaitsealadeks. Need võivad saada osaks föderaal- või osariigi pargisüsteemist, metsloomade varjupaigast või kõrbealast. Nende kaitstud märgalade ökosüsteeme jälgitakse tavaliselt hoolikalt ja nende kasutamine on tavaliselt piiratud.
Lisaks föderaalprogrammidele ja õigusaktidele on mõnes osariigis ja kohalikus jurisdiktsioonis ka kohaliku märgalade kaitseks mõeldud seadused ja määrused. Need on levinumad rannikualadel, kus on palju märgalasid. Seda tüüpi märgalade kaitse on sageli ette nähtud märgalade kaitsmiseks, mis võivad olla oma geograafilisele piirkonnale iseloomulikud ja mida ei pruugi hõlmata laiemad föderaalsed määrused.
Nii avalikkuse kui ka täitevtöötajate koolitamine on veel üks viis, kuidas paljud valitsused püüavad saavutada märgalade kaitset. Mõnikord hõlmab see kogukonna teavitusprogramme ja haridusressursse õpetajatele ja teistele koolitajatele. Enamasti on need programmid mõeldud selleks, et aidata kogukonna liikmetel mõista märgalade rolli ja nende ökosüsteemide säilitamise tähtsust.