Inimkeha seedesüsteem ja homöostaas on lahutamatult seotud, kuna inimesed on neelavad heterotroofid, mis tähendab, et kehal peab olema mehhanism välise toiduallika assimileerimiseks. Seedesüsteemi ja homöostaasi regulatsiooni edukaks toimimiseks on vaja rafineerida ja manipuleerida söödavate toiduainete olulisi toitaineid ning parandada ja vajadusel täiendada seedesüsteemi struktuuri “kulumist”. Lisaks sõltub iga kehasüsteem kudede parandamiseks, ehitamiseks ja hooldamiseks toitainete lagunemisest ja assimilatsioonist. Seedesüsteemi homöostaasi eest vastutavad paljud keemilised, mehaanilised ja ensümaatilised protsessid.
Seedimist teostab keha, kui toit liigub läbi keha konveieritaolises elundisüsteemis, mis lagundab toidu keharakkude jaoks vastuvõetavaks kütuseks. Protsess algab suus, kui ensüümid sisestatakse esmakordselt sülje kaudu. Üks soodsamaid seoseid seedesüsteemi ja homöostaasi vahel on vesiniku (pH) tasakaalu potentsiaali säilitamine seedetraktis. Seedetrakti homöostaas saavutatakse organismi võimega muuta järsult pH-d süljest, mis on vaid kergelt happeline, väga happelise maokeskkonnani, mis lagundab toidu kiiresti ning kaitseb keha bakterite ja muude patogeenide eest. Veelgi dramaatilisem on pH muutus peensoole oluliselt aluselise keskkonnani, mis on vajalik soolestiku spetsiifiliste ensüümide nõuetekohaseks toimimiseks.
Veel üks oluline seos seedesüsteemi ja kehasisese homöostaasi vahel on kasulike bakterite jaoks külalislahke õhkkonna säilitamine. PH reguleerimine koos muude teguritega, nagu tasakaalustatud ensüümide suhte säilitamine, võimaldab kasulikul soolestiku mikroflooral, nagu acidophilus ja bifidobacterium, aidata kehal võidelda vähem soovitavate bakterikolooniate vastu, mis võivad põhjustada potentsiaalselt eluohtlikke infektsioone ja haigusi. Abistavatel bakteritel on võime lagundada mõningaid kantserogeene ja ravimite metaboliite, mis on näidanud, et need põhjustavad vähki – haigust, mida levib organismi üldise homöostaatilise seisundi tõsine halvenemine. Abistavad bakterid toodavad ka K-vitamiini ja muid erinevaid bioloogilisi aineid, mida organism ei ole võimeline ise tootma.
Ensüümide, bakterite ja pH õige tasakaal on enamiku tervishoiutöötajate arvates peamine seos seedesüsteemi ja homöostaasi vahel. Patsiendid, kes teevad neid haigusi soodustavaid elustiilivalikuid, säilitavad tõenäolisemalt tervisliku kehakaalu ja on hästi toidetud. Neil on vähem tõenäoline, et nad põevad tõsiseid haigusi, nagu vähk ja diabeet.