Vaatamata sõna “vatsakesed” levinud konnotatsioonidele, ei asu külgvatsakesed südames, vaid ajus. Aju koosneb suures osas tihedatest närvikoe kogumitest ja aju vatsakeste süsteem on ühendatud seljaaju keskkanaliga ja aitab kogu ajus ringelda vajalikku tserebrospinaalvedelikku. See vedelik kaitseb aju ja võimaldab ajul koljus “hõljuda”, vähendades seega selle suhtelist kaalu.
Külgmised vatsakesed asuvad ajus, üks vatsake asub mõlemas poolkeras. Need on jämedalt hobuserauakujulised, nii keskosa kui ka eesmise ehk eesmise, tagumise või tagumise ja alumise ehk ajalise sarved. See kumer kuju paneb külgvatsakesed läbima kõiki nelja ajusagarat – eesmist, ajalist, parietaalset ja kuklaluu.
Külgmised vatsakesed on aju vatsakeste süsteemi kõrgeim osa ja on vatsakestest suurimad. Iga külgvatsakese eesmiste sarvede kohal on corpus callosum, tihe närvikoe mass, mis ühendab aju paremat ja vasakut külge ning võimaldab neil suhelda. Aju tagaosas läbivad tagumised sarved kuklasagara. Temporaalsed sarved läbivad oimusagaraid, mis asuvad templite taga.
Interventrikulaarsetes avaustes ühenduvad külgmised vatsakesed kolmanda vatsakesega. Kolmandast vatsakesest jätkub süsteem neljandasse vatsakesse, mis on süsteemi madalaim vatsake. Seejärel ühendub neljas vatsake seljaajuga, täiendades süsteemi.
Tserebrospinaalvedelik, mis ringleb läbi külgmiste vatsakeste ja ülejäänud vatsakeste süsteemi, täidab mitmeid olulisi funktsioone. See suurendab aju ujuvust, nii et aju alumisi osi ei purustata elundi üldkaal, ja see aitab säilitada koljus õiget survet. Samuti kaitseb see aju vigastuste eest, kui pead põrutatakse või lüüakse. Lisaks aitab tserebrospinaalvedelik tuua ajju toitaineid, eemaldada jääkaineid ja säilitada õiget keemilist tasakaalu.
Neljast vatsakesest tekivad külgvatsakesed kõige tõenäolisemalt meningioomid, mis on närvisüsteemis esinevad kasvajad. Need kasvajad on tavaliselt healoomulised, kuid harvadel juhtudel võivad need olla pahaloomulised. Meningioomid ei põhjusta sageli sümptomeid. Kui need põhjustavad probleeme, nagu nägemiskahjustus või koljudevaheline rõhk, saab need tavaliselt kirurgiliselt eemaldada.