Mis on RNA promootor?

RNA promootor on nukleotiidide järjestus, mis eelneb ribonukleiinhapet (RNA) kodeerivale geenile. See järjestus asub raku desoksüribonukleiinhappes (DNA) ja nagu kõik promootorid, aitab RNA promootor hõlbustada geeni transkriptsiooni. Erinevus seda tüüpi promootorite ja muud tüüpi promootorite vahel seisneb selles, et kuigi paljud promootorile järgnevad geenid kodeerivad mälu-RNA-d (mRNA), siis RNA promootorile järgnevad geenid kodeerivad ribosomaalset RNA-d (rRNA), mida kasutatakse ribosoomides mRNA tõlkimiseks valgud. RNA promootoreid leidub kõigi eukarüootsete rakkude geneetilises informatsioonis, seega on need olemas kõigil organismidel peale bakterite ja viiruste. Selle promootori võivad ära tunda valgud, mis seonduvad nii selle nukleotiidjärjestusega kui ka transkriptsiooni eest vastutava ensüümiga, kiirendades transkriptsiooni toimumise kiirust.

RNA promootor täidab oma funktsiooni, pakkudes sidumissaiti RNA polümeraas I-le, ensüümile, mis transkribeerib rRNA-d, ja sellega seotud transkriptsioonifaktoreid. DNA promootorjärjestus erineb enamikust geenidest, mis kasutavad tümiini ja adeniini nukleotiidide seeriat, mida nimetatakse TATA kastiks. Selle asemel on RNA promootoril järjestus, mida nimetatakse ülesvoolu kontrolljärjestuseks (UCS), mille tunneb ära valk, mida nimetatakse ülesvoolu sidumisfaktoriks (UBF). Pärast nende seondumist tekib suurem valgukompleks, mida nimetatakse transkriptsiooni initsiatsioonifaktoriks IB (TIF-IB). TIF-IB koosneb TATA siduvast valgust (TBP), mida kasutatakse teistes promootorites, aga ka teistes transkriptsioonifaktori ensüümides. Teised olemasolevad ensüümid aitavad TBP-l seonduda UBF-iga, kuna, nagu eespool mainitud, ei ole DNA rRNA-d kodeerivatel järjestustel TATA-kasti, millega see seostuda.

Pärast seda, kui TIF-IB kompleks on seotud rRNA-d kodeerivast geenist ülesvoolu, see fosforüülitakse, mis aktiveerib kompleksi ja võimaldab tal värvata ja siduda RNA polümeraas I. See on ainus ensüüm, mis on võimeline transkribeerima rRNA-d kodeerivat DNA järjestust. ja sellisena ainus polümeraasi tüüp, mis kasutab RNA promootorit. See seostub promootorikompleksi osaga, mis koosneb valguga TBP-ga seotud faktorist-IA, ja võib seejärel omakorda seonduda DNA järjestusega, mis asub rRNA-d kodeerivast promootorikompleksist allavoolu. Selle promootori kaudu suudab RNA polümeraas I leida transkribeerimiseks vajalikud DNA järjestused palju kiiremini kui siis, kui ta peaks neid järjestusi ise leidma, seega on see promootor rRNA transkriptsiooni kiiruse reguleerimise vahend.