Peptiidid on suured polüpeptiidahelad, mis koosnevad kuni 50 aminohappest, mida saab klassifitseerida funktsiooni ja ka sünteesi järgi. Mõned levinumad peptiidide tüübid, mis on klassifitseeritud funktsiooni järgi, hõlmavad hormoone, neuropeptiide ja alkaloide. Sünteesi teel klassifitseerimisel võivad peptiidid olla ribosomaalsed, mitteribosomaalsed ja peptoonilised. Peptiidide klassifikatsioonisüsteemi peetakse ebatäiuslikuks teaduseks, kuna üks peptiid võib kuuluda samaaegselt mitmesse rühma ja teadlased vaidlevad jätkuvalt selle üle, millal tuleks peptiidi klassifitseerida valguks või valku peptiidiks. Paljud teadlased nõustuvad, et peptiid ei vasta kergesti konkreetsele mustrile, samas kui valk eristub olemuselt konformatsioonist rohkem.
Hormoonid, üks levinumaid peptiidide klassifikatsioone inimkehas, on spetsiifilised messenger-molekulid, mida kasutatakse rakulises suhtluses. Hormoonid tuvastatakse sellistena, kuna neid sekreteerivad ja sünteesivad spetsiaalsed rakurühmad, mida nimetatakse sisesekretsiooninäärmeteks. Pärast sekretsiooni liiguvad hormoonpeptiidid sihtorganitesse, kus nad toimivad. Hormooni kuju on spetsiifiliselt seotud vastava sihtorgani rakumembraanide retseptoritega. Näiteks hormoonpeptiididel glükagoonil ja insuliinil on maksas spetsiifilised retseptori saidid, mis aitavad neil veresuhkru taset kontrollida.
Neuropeptiidid on organismi kesk- ja perifeerses närvisüsteemis laialt levinud ning neil on spetsiifilised inhibeerivad ja ergastavad funktsioonid. Neuropeptiidid toimivad peaaegu samamoodi nagu neurotransmitterid, nagu serotoniin ja dopamiin. Üks tuntumaid neuropeptiidide klasse on endorfiinid. Endorfiine peetakse keha endogeenseteks valuvaigistiteks, mida sageli võrreldakse ravimi morfiiniga.
Osa endorfiinide funktsioonist hõlmab teise neuropeptiidi, Substance P pärssimist, mis edastab valusignaale perifeersest närvisüsteemist kesknärvisüsteemi vastuvõtjatele. Mõnikord võivad neuropeptiidid töötada hormoonidena ka teatud kehasüsteemides.
Mis puutub peptiidide klassifitseerimisse nende sünteesi tõttu, siis enamik neist on ribosoomi tüüpi; seda tüüpi peptiidi sünteesitakse, kui rakus olev ribonukleiinhape (mRNA) transleeritakse. Translatsiooni ajal toimub keemiline protsess, kus üks aminohappe karboksüülrühm seostub teise aminohappega, et luua aminohappeahela algus. Ribosomaalsed peptiidid koosnevad sageli 30 kuni 40 aminohappest, mis on omavahel ühendatud. Mitteribosomaalset tüüpi peptiidid sünteesitakse ensümaatiliste katalüsaatorite olemasolul. Peptoonilised peptiidid on haruldased ja moodustuvad organismi seedimisprotsesside käigus.