Seos keskaju ja silla vahel seisneb selles, et nad mõlemad on osa ajutüvest. Füüsiliselt on keskaju ja silla teineteise kohal ja all. Keskaju asub ajutüve ülemises ülaosas ja silla asub otse keskaju all. Vaheaju ja silla erinevus seisneb aga selles, et need täidavad erinevaid funktsioone. Lisaks, kuigi keskaju ja sill on mõlemad ajutüve eraldiseisvad osad, on silla tegelikult ka tagaaju osa.
Üldiselt on ajutüve üldine ülesanne hõlbustada ja võimaldada sidet aju ja seljaaju vahel, mis moodustavad kesknärvisüsteemi. Keskaju, mida tuntakse ka mesentsefaalina, asub eesaju ja silla vahel. Ajutüve osana on keskajul kohustus aidata koordineerida sõnumeid aju ja seljaaju vahel. Lisaks sellele funktsioonile vastutab keskaju ka mõningate reflekside, aga ka mõnede vabatahtlike liigutuste eest. Näiteks keskaju koordineerib silma reflekse. Samuti aitab see koordineerida kehahoiakut ja kõndimist.
Sill ehk metentsefalon asub keskaju ja medulla vahel, teine tagaaju osa, mis moodustab ka ülejäänud ajutüve. Samuti ühendab sill medulla väikeajuga. Sarnaselt keskajule aitab sillal koordineerida sõnumite edastamist ajus, toimides sillana aju, seljaaju ja väikeaju vahel. Sild vastutab ka muude funktsioonide eest, näiteks aitab reguleerida hingamist ning käivitab või lõpetab motoorseid impulsse ja sensoorset teavet, mis saadetakse ajju ja näole.
Kesknärvisüsteem koosneb põhiliselt ajust ja seljaajust. Aju saadab motoorseid sõnumeid seljaajule, mis saadab need seejärel õigesse kehaosasse. Seljaaju saadab omakorda sensoorseid sõnumeid ajju. Selline suhtlus võimaldab inimkehal nii toimida, nagu ta töötab ja kuna ajutüvel on selles suhtluses ülioluline roll, siis ilma ajutüveta läheks aju ja keha vaheline teabevahetus kaotsi. Sellisena on selge, et keskaju ja silla on kaks väikest, kuid väga olulist kesknärvisüsteemi osa.