Hipokampus mängib olulist rolli mälus ja on osa aju limbilisest süsteemist. Hipokampus ei mängi mitte ainult olulist rolli mälus, vaid mängib rolli ka emotsioonides. Emotsioonid nagu armastus, rõõm, vihkamine, kurbus ja kirg saavad alguse aju limbilisest piirkonnast.
2004. aastal avastati, et hipokampusel on ka suur roll pikaajalises mälus. Hipokampus teeb mitmeid asju. See aitab inimesel muuta kogemused uuteks mälestusteks, muuta uued mälestused pikaajalisteks mälestusteks ja taastada vanu mälestusi.
Hipokampus ja mälu on omavahel seotud, seega võib selle ajupiirkonna kahjustus inimese mäluvõimet katkestada. Mõned levinumad hipokampuse kahjustamise viisid hõlmavad hapnikupuudust, stressi ja epilepsiat. Kui hipokampus kannatab tõsiste kahjustuste all, võib inimesel tekkida amneesia.
Aju hipokampuse piirkond on stressi suhtes haavatavam kui teised piirkonnad. Pikaajaline stress võib põhjustada selle ajupiirkonna atroofiat. Kui see atroofeerub, võivad ilmneda rasked terviseseisundid, nagu traumajärgne stressihäire ja skisofreenia.
Posttraumaatiline stressihäire või psühholoogiline trauma võib avaldada kahjulikku mõju hipokampusele ja mälule. Lapseea väärkohtlemine on traumajärgse stressi kõige levinum põhjus. Posttraumaatiline stressihäire võib viia hipokampuse ajupiirkonna mahu vähenemiseni ja mõjutada hipokampusepõhist õppimist ja mälu.
Teadlased on erinevatel meditsiinilistel põhjustel huvitatud hipokampuse ja mälu uurimisest. Lisaks Alzheimeri tõve lahenduse hoidmisele võib hipokampuse uurimine viia läbimurdeni ka amneesia, traumajärgse stressisündroomi, skisofreenia, epilepsia ja bipolaarse häire vallas. Kuna teadlased mõistavad paremini hipokampuse ja mälu toimimist, saavad võimalikuks uued Alzheimeri tõve ja teiste mäluga seotud haiguste ravimeetodid.