Protrombiini geeni mutatsioonid, mida nimetatakse faktori II mutatsioonideks, on geneetiliselt seotud, seega saadakse pärimise teel. See geen vastutab protrombiini tootmise eest, mis muundatakse in vivo trombiiniks, seega nimetatakse seda defekti mõnikord trombiini geenimutatsiooniks. Trombiin omakorda muudab vees lahustuva fibrinogeeni lahustumatuks molekuliks fibriiniks, mis on vere hüübimismehhanismi oluline komponent. Trombiini geenimutatsioonid on V faktori mutatsiooni kõrval suuruselt teine riskitegur tromboosi või veresoontes sügavate verehüüvete tekkeks.
Trombiini geeni mutatsioon on kaasasündinud, nii et inimesel võib olla kas üks või kaks muteerunud geeni koopiat, kusjuures kaks koopiat seavad inimese tromboosiriski palju suuremasse. Trombiini geenimutatsioon on autosoomne dominantne mutatsioon, mis tähendab, et inimesel, kellel on üks mutatsiooni koopia, on 50-protsendiline võimalus see oma lastele edasi anda. Nii meestel kui naistel, aga ka mis tahes veregrupiga inimestel on võrdne risk selle geeni pärimiseks ja sellega seotud tromboosirisk, kui nad seda teevad.
See mutatsioon ei ole üldiselt päritud koos teiste mutatsioonidega ja see hõlmab punktmutatsiooni protrombiini geeni positsioonis 20210, mis asub 11. kromosoomis. Umbes 1-2 protsenti kaukaasia elanikkonnast on II faktori mutatsiooni suhtes heterosügootsed, mis tähendab, et neil inimestel on üks defektse geeni koopia. Levimusmäär on muu rassilise taustaga inimestel palju madalam.
Kui see mutatsioon on pärilik, aeglustab see protrombiini messenger-RNA lagunemist, suurendades seega protrombiini tootmist, mis viib trombiini suurema koguseni veres. Hüübimisprotsess võib omakorda toimuda palju kergemini, kuna liigne trombiin osaleb fibriini moodustumise kaskaadis, mis võib lõppeda tromboosiga. Trombiini geenimutatsioon suurendab süvaveenide tromboosi riski umbes kaks kuni kolm korda. Trombiini kõrgenenud tasemega kaasnevad ka muud terviseriskid, eriti korduv raseduse katkemine.
Trombiini geenimutatsioon suurendab tromboosiriski, kuid see ei pruugi tähendada, et inimesel see häire välja kujuneb. On ka teisi riskitegureid, mis võivad suurendada tromboosi tõenäosust, eriti geeni muteerunud koopia korral. Nende riskitegurite hulka kuuluvad suukaudsete rasestumisvastaste vahendite kasutamine, teise geneetilise mutatsiooni pärimine, mida nimetatakse faktori V mutatsiooniks, rasestumine, sigarettide suitsetamine, rasvumine või pikaajaline liikumatus.