Lihtsuse huvides võib meeste reproduktiivsüsteemi jagada sisemiseks ja väliseks osaks. Väliselt koosneb süsteem peenisest ja munandikottist. Munandikottis on munandid, munandimanus ja vans deferens. Meeste reproduktiivsüsteemi muud sisemised osad hõlmavad eesnääret, bulbouretraalseid näärmeid ja kusiti.
Peenis on meeste reproduktiivsüsteemi üks tuntumaid osi ja sellel on kaks peamist osa. Glans ehk peenisepea on osa, mis arvatavasti aitab oluliselt kaasa seksuaalse kogemuse nautimisele, ja see sisaldab uriinikanalit, mis võimaldab uriinil ja spermal kehast väljuda. Peenise teine osa on võll, mis on peenise silindriline osa, mis seksuaalse erutuse ajal jäigastub ja pikeneb.
Peenise all on kotitaoline struktuur, mida nimetatakse munandikottiks. See sisaldab kahte ovaalset osa, mida tuntakse munanditena ja mis vastutavad sperma tootmise ja säilitamise ning testosterooni tootmise eest. Munandikottis asuvad ka munandimanused ja vans deferens, mis toimivad meeste reproduktiivsüsteemi torustikuna. Teine oluline munandikotti funktsioon on see, et see aitab läbi laienemise ja kokkutõmbumise reguleerida munandite temperatuuri, avaldades neile rohkem või vähem kehasoojust.
Seemnepõiekesed asuvad põie põhja lähedal. Need väikesed kotitaolised struktuurid ühenduvad kaubikute deferenidega. Suurema osa seemnevedelikust toodavad need struktuurid. Selle panus on fruktoosirikas ja annab seega sperma liikuvuseks vajalikku kütust.
Eesnääre on meeste reproduktiivsüsteemi sisemine osa. See asub põie all ja mängib rolli sperma tootmisel, pakkudes vedelikke, mis toidavad sperma. Ureetra on kanal, mis viib uriini põiest kuseteedesse. See eesnäärme kaudu kulgev vahekäik kannab ka spermat. Ureetra on üles ehitatud nii, et see ei võimalda sperma ja uriini segunemist ega samaaegset transporti.
Ureetra külgedel on bulbouretraalsed näärmed, mida mõnikord nimetatakse ka Cowperi näärmeteks. Need struktuurid toodavad läbipaistvat vedelikku, mis sageli eritub peenisest perioodidel, mil mees on seksuaalselt erutatud, kuid enne ejakulatsiooni. Asjaolu, et vedelik tekib enne ejakulatsiooni, on märkimisväärne, sest arvatakse, et selle üks eesmärke on olla määrdeaine. Kuna see voolab kusitisse, neutraliseerib see ka uriinist tekkida võiva happesuse.