Kirsipuu põhihooldus koosneb kastmisest, väetamisest, pügamisest ning kahjurite ja haiguste eest kaitsmisest. Kirsipuude eluiga on tavaliselt lühem kui teistel õitsvatel puudel, kuna need on haigustele ja kahjuritele vastuvõtlikumad. Regulaarse hooldusega saab puu eluiga oluliselt pikendada.
Enamik kirsipuu sorte eelistab niisket mulda. Üks erand, seersant Cherry, talub kuivemaid tingimusi. Kuni kastmismustri kindlaksmääramiseni on kasulik uurida puu ümber olevat mulda umbes kolme tolli (8 cm) sügavusel. Kui muld on kuiv, vajab puu vett. Selle toimingu regulaarne läbiviimine aitab kindlaks teha, kui sageli tuleks kirsipuud kasta.
Orgaanilise multši kandmine puu aluse ümber aitab niiskust kinni hoida ja takistab mulla kuivamist talumatu tasemeni. Kastmisel on parem säilitada vee aeglane nirise pikema aja jooksul, selle asemel, et valada suures koguses vett kiiresti ümber puu. Juurestiku põhja toitmiseks tuleb kasutada piisavalt vett. Ülekastmine võib aga põhjustada kirsipuu juuremädanikku.
Kevadel tuleks kirsipuu alusele anda kõrge lämmastikusisaldusega universaalväetist. Parim viis väetist laotada on puistata see ringikujuliselt ümber puu aluse, jälgides, et see ei ladestuks tüvele. Väetis tungib pinnasesse ja annab puu juurtele vajalikke toitaineid. Spetsiaalselt kirsipuude jaoks on loodud palju erinevaid väetisi, mille tulemuseks võivad olla suuremad õied ja suurem viljatoodang.
Kirsipuu pügamine peaks toimuma kevadel, kui kogu külmaoht on möödas. Nad ei vaja nii palju pügamist kui teised viljapuud. Siiski on vaja teatud hooldust, et vältida haigusi ning võimaldada valgusel ja õhul tungida puu keskele. Kõik murdunud, surnud või haiged oksad tuleks eemaldada ning nõrgad või ristuvad oksad tuleks kergelt kärpida. Kõrvaloksad võib uue kasvu soodustamiseks põhioksa juurde tagasi lõigata.
Lõikused tuleks teha pügamistööriistaga umbes kaheksandiku tolli (0.3 cm) kõrgusel pungast ja nurga all. Nutvaid kirsipuid tuleks pügada, et säilitada nende loomulik nutune kuju. Hapukirsipuudel on loomulik avatud kasvuharjumus ja nad ei vaja nii sageli pügamist kui maguskirsipuud. Igat tüüpi kirsipuud vajavad pärast täielikku küpsemist ainult minimaalset pügamist.
Kahjurite ja haiguste eest kaitsmine on võib-olla kirsipuu hooldamise kõige olulisem osa. Linnud on kirssidele suurimaks ohuks, sest nad võivad puult väga lühikese ajaga vilja eemaldada. Suvekuudel puu kohale asetatud võrk takistab lindudel vilja varastamist. Pügamistööriistade desinfitseerimine pärast kasutamist ning mädanenud puidu ja puuviljade eemaldamine puud ümbritsevast maapinnast aitab haigusi ära hoida.