Looduslik kahjuritõrje hõlmab tehnikaid ja lahendusi kahjurite tõrjeks ilma potentsiaalselt mürgiseid aineid kasutamata. Selle rubriigi alla kuuluvad paljud kahjuritõrjemeetodid, kuid looduslik kahjuritõrje hõlmab sageli kahjurite tõrjeks orgaaniliste materjalide kasutamist. Mõnikord kasutatakse kahjurite tõrjeks ka toiduaineid, mida inimesed söövad või koos valmistavad. Looduslik kahjuritõrje võib hõlmata isegi teatud taimede kasutamist kahjuripopulatsioonide tõrjumiseks. Mõnel juhul võib see hõlmata isegi ühte tüüpi putukate kasutamist teise populatsiooni kontrollimiseks.
Loodusliku kahjuritõrje abil on eesmärk kahjurite populatsioonide vähendamine ja tõrje keskkonda kahjustamata. Näiteks võivad mõned inimesed kahjurite tõrjeks kasutada küüslauguõli või punase pipragaasi. Tõenäoliselt ei põhjusta need lahused maasse imbudes haigusi ega saasta vett, nagu seda teevad keemilised pestitsiidid.
Mõned inimesed kasutavad isegi toitu kahjurite loomulikuks eemalhoidmiseks. Näiteks on mõned aianduseksperdid, kes väidavad, et kurkide viilutamine ja viilude oma aeda asetamine võib aidata kahjureid eemal hoida. Rapsiõli võib isegi olla kasulik teatud tüüpi aiakahjurite tõrjeks.
Isik võib oma aias kahjurite tõrjeks kasutada ka putukaid. Näiteks kui tal on probleeme teatud tüüpi kahjuriga, võib ta teada saada, millised kasulikud putukad tema aias seda kahjurit söövad. Kui tõenäoliselt ei kahjusta need röövputukad tema aeda ega muutu ise kahjuriteks, võib ta asustada oma aeda nendega. Aja jooksul võivad need röövputukad aidata hoida aia kahjurite arvu madalal.
Mõnikord kasutatakse taimi ka looduslikuks kahjuritõrjeks. Näiteks võivad saialilled aidata inimese aiast kahjureid tõrjuda. Tegelikult teevad mõned inimesed lahuse purustatud saialilledest ja kasutavad seda kahjurite tõrjumiseks kogu oma aias. Lisaks aitavad saialilled aeda meelitada kasulikke putukaid. Näiteks paelad ja parasiitherilased meelitavad saialillede poole.
Samuti on mõned looduslikud kahjuritõrjevahendid, mida saab kasutada siseruumides. Diatomiitmuld, mis on mageveeloomade fossiilidest valmistatud pulber, on üks näide tavaliselt kasutatavast looduslikust kahjuritõrjevahendist. Pulber on abrasiivne ja kahjustab sellega kokku puutuvate putukate välisskeletti. Kui see kehakate on kahjustatud, dehüdreerub putuka keha ja putukas sureb. Seda looduslikku toodet saab kasutada nii kohtades, kus putukad tõenäoliselt roomavad, kui ka nende peidupaikades.