Jaapani aiakujunduse põhielemendid põhinevad traditsioonilisel Jaapani stiilil, mis tuleneb budistliku ja šinto filosoofia kunstilisest väljendusest. Nende aedade põhiülesanne on pakkuda rahulikku keskkonda ja tulemus lükkab sageli ümber paljude kujunduste keerukuse. Iga objekt on nii paigutatud põhjusega. Jaapani aia põhikujundus sisaldab kolme peamist põhimõtet, iseloomulikke elemente ja põhilisi stiilimalle.
Jaapani aiakujunduses on kolm peamist põhimõtet. Esimene on see, et aed on mõeldud terviklikuks miniatuurseks maastikuks. Kõik aias olevad elemendid peaksid olema üksteisega seotud, luues terviku, mida saab ideaalselt vaadata erinevatest suundadest.
Teine põhimõte on integreerida aed olemasoleva maastiku ja taimedega, mitte vastupidi. Kolmandaks on sümboolika väga oluline, kusjuures igal elemendil on tähendus. Näiteks kasutatakse liiva sageli vee sümboliseerimiseks.
Seal on ka Jaapani aiakujundusele iseloomulikud põhielemendid. Nende hulka kuuluvad vesi, olgu see siis tiik, oja või täidetud bassein, sild või hüppekivid ja taimed. Muud elemendid hõlmavad kividest, kividest ja liivast valmistatud seadeid. Laternad, teemajad või paviljonid on samuti levinud disainielemendid. Lõpuks on kõik aiad ümbritsetud seinte, hekkide või aedadega.
Selle stiili aia jaoks on kasutatud mitmeid põhilisi kujundusi. Üks Jaapani aia põhikujundus on Karesansui ehk veevaba aed. Veekogu asemel sümboliseerib vett liiv, mis on sageli kammitud voolavateks mustriteks. Sümboolselt kasutatakse ka muid esemeid, näiteks saari või mägesid kujutavaid kaljusid. Seda tüüpi aias kasutatavad taimed koosnevad tavaliselt väikestest põõsastest, miniatuursetest puudest ja samblast.
Cha Niwa ehk teeaia kujundus sisaldab tavaliselt laternaid, veenõusid ja teemaja või paviljoni. Aia sissepääsu juurest paviljoni viib tavaliselt hüppekivitee ja aed on sageli seda marsruuti ümbritsev taust. Kuigi veenõud on omaette dekoratiivsed, kasutati traditsiooniliselt külaliste käte pesemiseks enne teemajasse sisenemist.
Tsukiyama Jaapani aiakujundus sisaldab sageli enamikku nendes traditsioonilistes aedades nähtud elementidest ja kunstlikke künkaid, millest see oma nime on saanud. Nende aedade eesmärk on luua kuulsate maastike miniatuurseid versioone. Need aiad võivad olla kujundatud nii, et neid vaadeldaks ainult ühest vaatenurgast, näiteks paviljonist, või need võivad olla piisavalt suured, et läbida.
Tsubo Nwa aiad on mõeldud väikestesse ruumidesse, nagu terrassid või siseõued. Need on oma koostiselt sarnased Cha Niwa aiakujundusega ja jätavad mulje suuremast ruumist. Sageli saavutatakse see objektide, näiteks väikeste puude, nutika kasutamisega, et juhtida pilk hoonetelt eemale ja juhtida eemale asuva objekti, näiteks mäe poole. Kaiyu-shiki ehk jalutavad aiad ühendavad endas erinevaid põhielemente ning nende kujunduse eesmärk on võimaldada külalistel läbi jalutada, saades täiesti ühtlustatud vaated, ükskõik millisest suunast nad vaatavad.