Aednikele on putukate tõrjeks saadaval mitmeid looduslikke pestitsiide, kuid suhteliselt vähe looduslikke herbitsiide umbrohtude või muude invasiivsete taimede hävitamiseks. Need, mis on olemas, võivad teha rohkem kahju kui kasu, kui neid kasutatakse valedel tingimustel. Siiski on taimi, mis toimivad looduslike herbitsiididena, näiteks must pähkel, päevalilled, salupuu ja tähnik. Need taimed eritavad kemikaale, mis võivad tappa teisi läheduses kasvavaid taimeliike. Teatud taimede sellisel viisil toimimise protsessi nimetatakse allelopaatiaks.
Teadlasi huvitavad taimede allelopaatilised omadused, kuna looduslike herbitsiidide eest vastutavaid kemikaale saab sageli isoleerida ja rafineerida kaubanduslikuks kasutamiseks. Näiteks suutsid teadlased Ameerika Ühendriikide lääneosas leitud invasiivse umbrohu tähnilise umbrohu juurtest ekstraheerida herbitsiidset kemikaali nimega katehhiin. Seda kemikaali saab sünteesida suuremas mahus ja rakendada paljudele teistele invasiivsetele taimedele. Paljud sellised herbitsiidid on selektiivsed, mis tähendab, et nende kemikaalid tapavad ainult konkreetseid taimi, mitte kõike, mida nad puudutavad.
Teine populaarne loodusliku herbitsiidi liik on must pähklipuu. Puude lehtedest ekstraheeritud õlisid kasutatakse sageli kaubanduslikult toodetavates herbitsiidides. Päevalilledes leiduvate kemikaalide ekstrakte võivad kasutada ka orgaaniliselt töötavad aednikud.
Teisi looduslikke herbitsiide kasutatakse peamiselt umbrohu kasvu tõrjeks kaubanduslikul haljasaladel, näiteks golfiväljakutel ja muruplatsidel. Neid herbitsiide peetakse tärkamiseelseteks, mis tähendab, et need hävitavad teised taimed idanemisetapis, enne kui taim saab juured luua. Üks neist on maisigluteenijahu, mis töötati algselt välja seente kasvatamise söötmeks. Teadlased avastasid, et see pärsib ka teiste taimede, eriti umbrohtude ja kõrreliste idanemist, mistõttu kasutatakse seda tavaliselt murule idanemisfaasis, nädalaid enne muru esimese tera või umbrohuvarre ilmumist.
Teadusuuringud looduslike herbitsiidide avastamiseks jätkuvad. Mõned põllumajanduseksperdid on täheldanud allelopaatilisi nähtusi tavalistes põllukultuurides, nagu talirukis ja nisu põhk. On teada, et rukkitaimed mõjutavad näiteks teatud köögiviljade kasvu. Mõned teadlased usuvad, et rukki kattekultuur või vähemalt rukist sisaldav kattemultš võib aidata umbrohtu hävitada sojakultuuride vahel. Teraviljapõhiseid herbitsiide saab modifitseerida, et hävitada invasiivsed taimed, säästes samal ajal olulisi põllukultuure.
Looduslikud herbitsiidid võivad tunduda ahvatlevamad kui nende keemilised kolleegid, kuid need on siiski mürgised ained, mis võivad mõjutada inimesi ja kariloomi. Nende kasutamine võib nõuda samu ettevaatusabinõusid kui kaubanduslike herbitsiidide kasutamine, nii et neid kasutavad inimesed ei tohiks kunagi segi ajada mõistet “orgaaniline” mõistega “mittetoksiline”.