Tihedates ja koogilaadsetes nisukliidest muffinites kasutatakse tavaliselt täistera nisujahu, millele on lisatud nisukliisid ja nisuidud. Neid kahte koostisainet leidub nisus väikestes kogustes; nisuklii muffinitesse lisatakse aga suures koguses nii nisukliisid kui ka nisuidusid, et suurendada toiteväärtust. Kuna nisukliid võivad suure tõenäosusega suure kiudainesisalduse tõttu olla üsna kuivad, lisatakse retseptile niiskuse tagamiseks palju vedelikku. Puhtalt nisukliidest valmistatud muffinid ei pruugi sisaldada retseptis nisuidusid ja lisamaitse saamiseks võib vaja minna lisandeid, nagu kuivatatud õun, kaneel ja ingver.
Nisukliid on täistera terade koostisosa ja sisaldab suures koguses kiudaineid ning muid toitaineid nagu valk, kaltsium ja raud. Paljudel juhtudel lisatakse seda koostisosa tervislike muffinite retseptidesse, et suurendada toitainete sisaldust, samuti luua raskem, tihedam muffin või kook. Enamasti lisatakse nisukliimuffinile veel üht komponenti nimega nisuidu, mis suurendab retsepti toitainete sisaldust. Mitte kõik retseptid ei sisalda nisuidu, kuid enamik lisab selle koostisosa kliide maitse tasakaalustamiseks.
Kuna enamikus kliimuffinites kasutatakse täistera nisujahu, nõuavad enamik retsepte suures koguses vedelikku, et vältida taigna liiga paksuks muutumist. Jogurti, sulavõi või õli, aga ka munade ja piima lisamine on kõik tavaline, et muffin pärast küpsetamist liiga kõvaks või tihedaks ei muutuks. Kuigi lõpptoode on raskem kui traditsioonilised puhtast valgest või nisujahust valmistatud muffinid, sisaldavad nisukliimuffinid siiski veidi niiskust ja kergust.
Tavalised nisukliimuffinite koostisosad on kuivatatud õun, kaneel ja ingver, et lisada küpsetiste maitset ja keerukust. Kliide muffinites leiduvatel nisukliidel on palju teadaolevaid tervisega seotud eeliseid, millest enamik on saadud teravilja komponendis sisalduvatest kiududest. Paljud toitumiseksperdid usuvad, et kliimuffinite suur kiudainete sisaldus võib soodustada korrapärasust ja tervet käärsoolt. Täistera ja selle komponendid, nagu nisuidud ja nisukliid, on samuti osutunud kasulikuks veresuhkru reguleerimisel, kuna aeglustavad glükoosi imendumist verre.