Apelsinipuude ja muude tsitrusviljade kasvatamine nõuab hoolikat tähelepanu pügamisele, et parandada puu üldist tervist ning parandada viljade saagikust ja suurust. Apelsinipuude pügamise parima viisi osas on teatav lahkarvamus, kuna mõned inimesed usuvad, et vähem on rohkem, samas kui teised arvavad, et ulatuslikum pügamine on parim. Olenemata individuaalsetest eelistustest, võib ülemiste okste hoolikas harvendamine ja nende okste kahest küljest lõikamine aidata saavutada apelsinipuu pügamisel häid tulemusi.
Parim aeg apelsinipuu pügamiseks on siis, kui see on oma aasta vilja kandnud, suve lõpus või varasügisel. Enne apelsinipuu pügamise alustamist on hea puule pilk peale visata ja otsustada, kui ulatuslik pügamine peab olema. Mõnel aastal võib puu kanda rohkem surnud puitu kui teised või kahjuritega seotud probleemid võivad tähendada, et puu vajab tavapärasest raskemat pügamist. Lisaks tuleks eemaldada kõik pooke all olevad tärkavad alad puutüve lähedalt võimalikult lähedalt, kuna need ei anna söödavaid vilju. Kui need alad on kindlaks tehtud ja nende eest hoolitsetud, saab ülejäänud puu kärpida.
Pärast surnud puidu ja kahjurite kahjustatud puidu eemaldamist on apelsinipuu pügamise peamine eesmärk harvendada ladvaoksi. Nendes okstes toodetakse tavaliselt kõige rohkem puuvilju ja pügamata jätmine võib põhjustada puu võsastumise, mille tulemuseks on väiksemad puuviljad, mis pole nii maitsvad. Nende ladvate okste harvendamine jätab viljadele palju ruumi ja võimaldab ka rohkem päikesevalgust puu keskmistele okstele läbi filtreerida. Üle kolmandiku ladvaokstest ei tohi eemaldada.
Õige nurga all okste lõikamine ja õige arv lõikeid on oluline nii puu tervena hoidmiseks kui ka uue kasvu soodustamiseks. Väiksemaid oksi saab eemaldada ühe nurga all oleva lõikega, kuid suuremate okste jaoks on vaja kahte lõiget. Selle asemel, et teha üks suur lõige lõpuni, lõigake esmalt suure oksa üks külg viltu, seejärel tehke teine lõige vastasküljelt sama nurga all. See võimaldab oksa kärpida ilma selle koort kahjustamata. Apelsinipuu pügamisel lõigake oksad puu peamisest tüvest kaks või kolm tolli välja, et kaitsta seda koorekahjustuste eest.
Tõhus pügamine tähendab tähelepanu pööramist nii puu üldisele suurusele ja kujule kui ka peenematele detailidele. See on oluline, kuna see mõjutab viljade koristamise lihtsust, kui see ilmub. Mida kõrgem on puu, seda raskem on jõuda kõige ülemise viljani, seega on üldiselt parem lühem ja laiem puu kui kõrgem. Seda tüüpi apelsinipuu pügamist on kõige parem alustada siis, kui puu on noor, kuna puu kuju treenimist on lihtsam alustada, kui see on veel väike. Puu hoidmine maksimaalselt umbes 8 jala (2.5 meetri) kõrgusel on hea tasakaal kõrguse ja juhitavuse vahel.