Pesto on parim, kui seda tehakse värskelt ja seejärel serveeritakse, kuid jooksvate kokkade jaoks pole see alati teostatav. Pesto külmutamiseks on palju näpunäiteid, millest paljud sõltuvad suuresti külmutatava pesto kogusest. Kuna pestot ei tohi lahti külmutada ja seejärel uuesti külmutada, on kõige parem teada täpselt, kui palju seda sulatamisel vaja läheb, ja lihtsalt külmutada ligikaudu sellele kogusele vastavates kogustes. Kuna see on oluline pesto maitse terviklikkuse säilitamiseks, on kõige parem pesto külmutada viisil, mis väldib kõige tõhusamalt sügavkülma põlemist.
On neid kokkasid, kes eelistavad suurte partiide valmistamist õli-, basiiliku- ja piiniapähklikastmest ning seejärel pesto külmutamist jääkuubikutel. See võimaldab lühikese aja jooksul hõlpsasti valmistada mis tahes suurusega eine. Pesto külmutamine jääkuubikualustes võimaldab kiiresti sulatada ja seejärel soojendada mis tahes koguse, alates mõnest kuubikust kuni terve kandikuni. Sügavkülmas põlemise vältimiseks sulgege alus pärast pesto külmumist sügavkülmakindlasse kotti.
Sarnaselt pesto külmutamisel jääkuubikuvormides kasutatakse selle külmutamiseks muffinivorme. Sulatamisel annab see kokale ühe portsjoni suuruse pestot. Enne värske pesto lusikaga sisse laskmist on soovitatav muffinivorm toiduõliga üle piserdada. See aitab kastme sulatamise ajal vormist hõlpsalt eemaldada. Jällegi soovitatakse sellise lähenemise korral tina sulgeda pärast pesto esmast külmutamist.
Gallonist sügavkülmakotid loovad optimaalse säilitusmahuti suurte koguste pesto külmutamiseks. Kui on käes aeg pesto sulatamiseks, võib selle lihtsalt köögilauale või sügavkülmakotti kraanikaussi sättida. Seejärel võib külmutatud pestole anda aega, mis on vajalik loomulikult toatemperatuurini soojenemiseks.
Külmutatud pesto säilib hea umbes neli kuni kuus kuud. Selle aja möödudes on parem see ära visata, sest maitse ei ole enam optimaalne. Pesto sügavkülma panemise kuupäeva kirjutamine kas maalriteibile, mille saab asetada jääkuubikuplaadile või muffinivormile või kustumatu markeriga sügavkülmakotile, aitab tagada, et pesto kasutatakse ära enne, kui see halvaks läheb.