Orgaaniline vanill viitab tavaliselt kas orgaanilistel meetoditel kasvatatud vanillikaunadele või vaniljeekstraktile, mis on valmistatud sellistest ubadest ja järgides täiendavaid orgaanilisi juhiseid. Kuigi ettevõte võib väita, et vanilli on mahepõllumajanduslikult kasvatatud, on enamikul ettevõtetel valitsusasutus oma vanilli mahepõllumajandusliku sertifikaadi andnud. Sellise sertifitseerimisega tegelevad erinevad agentuurid erinevates riikides; USA-s tegeleb sellega tavaliselt toidu- ja ravimiamet (FDA). Orgaanilist vanilli tuleb tavaliselt kasvatada ilma mitteorgaanilisi väetisi kasutamata ning pestitsiidide ja muude kemikaalide kasutamine on sellise vanilli kasvatamisel ja töötlemisel tavaliselt keelatud.
Kõik, kes on huvitatud orgaanilise vanilli ostmisest kas oa või ekstrakti kujul, peaksid kaaluma iga sellist vanilli müüva ettevõtte sertifitseerimist. Vanillikaune saab kasvatada paljudes erinevates riikides ja erinevates maailma paikades; Vanillikaune või ekstrakti turustavad suured ettevõtted saavad sageli vanilli paljudest väikestest taludest. See võib paljudele ettevõtetele muuta selliste farmide kasvatus- ja töötlemismeetodite kontrollimise ja jälgimise keeruliseks. Kuna need farmid asuvad ka erinevates riikides, ei pruugi mõned valitsusasutused, mis jälgivad orgaanilise vanilli sertifitseerimist, nendes riikides tegutseda.
See tähendab, et mahepõllumajandusliku vanilli sertifitseerimiseks kasutatavate tavade nõuetekohane uurimine võib olla üsna keeruline ja seetõttu peaksid kõik, kes soovivad sellist vanilli osta, olla ettevaatlikud. Enamik ettevõtteid esitab teavet nende müüdava vanilli sertifitseerimise kohta, sealhulgas sertifikaadi tüübi ja sertifitseerimisasutuse nime. Mahepõllumajanduslikke toite sertifitseerivad valitsusasutused, nagu FDA, annavad sageli teavet selliste sertifitseerimisprotseduuride kohta Interneti kaudu või agentuuriga ühendust võttes. See võimaldab inimestel hõlpsamini võrrelda erinevaid orgaanilise vanilli tüüpe, et tagada ostetud vanilje vastavus nende ootustele.
Orgaanilist vanilli kasvatatakse tavaliselt ainult mahepõllumajanduslike toodetega ja ilma kemikaalide või kangete pestitsiidide lisamiseta. Mahepõllumajanduslike toodete tootmiseks ei pruugita väetist üldse kasutada, kuigi mõned kasvatajad võivad kasutada ainult looduslikke ja orgaanilisi väetisi, et tagada terve maakorraldus, ilma potentsiaalselt kahjulikke kemikaale kasutamata. Pestitsiidid on sageli suureks vaidluste allikaks kasvatajate ja tarbijate vahel ning enamik mahekasvatajaid ei kasuta pestitsiide või kasutavad ainult orgaanilisi pestitsiide, mis on toidust kergesti maha pestavad. Seejärel kuivatatakse ja töödeldakse orgaanilisi vanillikaune ilma muude anorgaaniliste lisanditeta ning orgaaniliselt valmistatud vaniljeekstraktis kasutatakse ekstrakti tootmiseks ainult orgaanilist alkoholi.