Bonsai kastmine on õrn kunst. Paraku pole bonsai kastmiseks lollikindel meetodit, mida saaks valemiga järgida tervete taimede puhul. Iga bonsai on erinev ja unikaalsete vajadustega, mis võivad erineda sõltuvalt puust, aastaajast, istutuskeskkonnast ja potist endast. Konkreetse bonsai eelistuste tundmaõppimiseks võib kuluda katse-eksitustöö ning paljud eksperdid räägivad hädast bonsai kohta, mille nad kogemata tapsid, kui nad alles alustasid.
Esimene asi, mida bonsai kastmisel arvestada, on puu märgitud veevajadus. Mõned puud eelistavad näiteks kuivi tingimusi, samas kui teistele võib meeldida niiske pinnas või jääda niiskeks suhteliselt kuiva pinnasega. Eriti keeruliseks lähevad need vajadused potis, sest looduses saab puu oma juuri vastavalt laiali ajades ja keskkonnaga kohanedes vee omastamise hulka kontrollida. Bonsai potis on puu kultivaatori meelevallas, mis tähendab, et inimesed peavad bonsai kastmisel olema tähelepanelikud.
Üldreeglina peaks bonsai kastmine toimuma siis, kui puu on kuiv. Paljud inimesed saavad juba peale vaadates aru, kas bonsai on kuiv või mitte, kuna mulla värvus ja tekstuur muutuvad. Aednikud saavad mõnikord aru ka potti tõstes ja katsudes kaalumuutust; Väiksema kogemusega inimestel võib sõrme mulda pista, et teha kindlaks, kas ülemine osa on kuiv või mitte. Bonsai kuivab sõltuvalt suhtelisest õhuniiskusest ja temperatuurist erineva kiirusega, nii et inimesed ei tohiks loota ajakava järgi kastmisele.
Kui taim on kuiv, tuleks seda ideaalis kasta hommikul. Kastmismeetodi kohta on erinevaid soovitusi. Mõned inimesed soovitavad bonsai kastmist teha kahetsüklilises süsteemis. Esimesel ringil võib kastekannuga potti piserdada vett, kuni drenaažiaugud hakkavad imbuma. Seejärel tuleks enne teist kastmistsüklit lasta taimel 15–20 minutit puhata. Teised soovitavad bonsaid kolm korda kasta, “üks kord poti, üks kord mulla ja üks kord puu jaoks”. Inimesed peaksid arvestama, kuidas konkreetne bonsai kohandub kastmistavadega, ja tegema vastavalt muudatusi. Näiteks mõnele taimele meeldib, kui neid kastetakse kaks korda päevas, samas kui teised võivad ilma veeta jääda nädala või kauemgi.
Bonsai kastmise ajal on oluline vältida vee sattumist lehtedele ja lilledele, kuna see võib tavapärasel korral kahjustada. Kuid taimed hindavad perioodiliselt udutamist või õrnalt pihustamist, et lehtedelt tolm eemaldada.
Kui bonsai ei saa piisavalt vett, kipuvad neil lehed kuivama ja kollaseks muutuma ning õitsemine ja lehtimine võib pärssida. Liiga palju vett saavad puud võivad rippuda, kollaseks või pruuniks vajuda ning kui juuremädanikul lastakse tekkida, võivad nad hakata külili vajuma. Bonsai hooldamise võib keeruliseks teha ka poti liigutamine või ümberistutamine; mõlemad sündmused võivad puud šokeerida ja põhjustada lehtede langemise või kollaseks muutumise.