Baklažaanid kuuluvad samasse perekonda – öövihmad või solanaceae – nagu tomatid, paprika ja kartul ning neid mõjutavad mitmed samad kahjurid. Baklažaanikahjuritest on kõige levinumad mardika-, putuka- ja lestarühma liikmed. Need kahjurid söövad lehti ja imevad taimedelt elu toetavat mahla. Baklažaanid on vastuvõtlikud ka erinevatele bakteriaalsetele ja seenhaigustele, mis põhjustavad närbumist ja mädanemist. Aias köögiviljade kasvatamine annab värske ja tervisliku saagi, kuid rikkaliku saagi saamiseks on vaja teadlikku kahjuri- ja haigustetõrjet.
Üks ilmsemaid baklažaanikahjureid on lehti sööv Colorado kartulimardikas. See triibuline mardikas ja tema vastsed söövad kartulite, paprikate ja tomatite lehestikku. Pisikesed ämbliklestad on üks baklažaanikahjurite rühm, kes imevad baklažaanimahla, nõrgestades taimi. Neid kahjureid leidub lehtede alumisel küljel. Nad on kõige aktiivsemad suve lõpus kuivadel kuumadel perioodidel ning baklažaanide piisava kastmisega saab neid heidutada.
Kirpumardikad on väikeste putukate rühm, mis on kõigi solanaceae põllukultuuride tavalised kahjurid. Need on eriti kahjulikud baklažaanidele, mida nad eelistavad. Vastsed toituvad arenevatest juurtest, täiskasvanud aga ründavad taime maapealseid osi. Baklažaanipitsid ja pisikesed lehetäid on baklažaani kahjurid, millel on taimedesse tungimiseks ja nende mahlade imemiseks spetsiaalsed suuosad. Nakatumine võib taimi nõrgestada, takistades õitsemist või kasvu aeglustumist.
Baklažaanid on vastuvõtlikud ka bakteriaalsetele ja seenhaigustele. Verticillium-närbumist põhjustab mullaseen ja selle tulemuseks on väikesed närbunud taimed, mis lõpuks surevad. Õite otsa mädanik on veel üks seenhaigus, mis põhjustab valmivate viljade mahakukkumist. Baklažaanid on altid ka bakteriaalsele närbumisele, mis tapab enamiku nakatunud taimi. Mitut tüüpi lehemädanik mõjutab arenevaid vilju või kogu taime, põhjustades lõpuks viljade kadumise või kogu taime hävimise.
Selle sooja ilmaga saagi kaitsmiseks võib kaelarihmade ja reakatete kasutamine aidata vältida varajast nakatumist. Sagedased kontrollid ja insektitsiidsete seepide kasutamine võivad vähendada kahjurite mõju küpsetele taimedele. Aasta-aastalt aias baklažaanide asukoha pööramine aitab vähendada ka baklažaani kahjureid ja haigusi. Paljud aednikud kasutavad röövputukaid, nagu lepatriinu, lestade tõrjeks ja mantide kasutamist suuremate putukate eest. Edukas kahjuritõrje on oluline samm tervisliku baklažaanisaagi tagamisel.