Kirikusekretär tegeleb tavaliselt koguduse kõigi haldusasjadega alates telefonidele vastamisest kuni bülletäänide kujundamiseni, koopiate tegemise ja kirjavahetuse haldamiseni. Töö on aga sageli palju enamat kui lihtsalt paberimajanduse žongleerimine ja telefonide helisemine. Enamik sekretäre peab olema ka kogu organisatsiooni nägu. Põhiteadmised kiriku, selle struktuuri ja uskumuste kohta on sageli olulised, kuna sekretäri võidakse kutsuda vastama paljude inimeste laiadele küsimustele.
Kirikusekretäri tegevuste eripärad sõltuvad tingimata kõnealuse organisatsiooni eripärast. Enamasti moodustavad haldusülesanded siiski suurema osa tööst. Sekretär juhib tavaliselt kiriku esindust. See hõlmab põhikalendri pidamist, kohtumiste ajastamist ja teadmist, kuidas kõigi töötajateni jõuda. Ta peab olema hästi kursis kiriku programmidega ja teadma, kuidas avalikkuselt konkreetseid küsimusi suunata.
Teatud määral peab kirikusekretär olema üldine kiriku ressurss nii kogudustele kui ka välismaailmale. Sisemiselt vastutab ta koguduseliikmete ja pastoritega ühendamise, tundidele ja üritustele registreerumiste haldamise ning teadaannete avaldamise ja levitamise eest. See hõlmab sageli e-posti andmebaaside haldamist, samuti trükitud lendlehti ja bülletääne.
Sekretärid peavad esindama ka kirikut ja selle programmeerimist välismaailmale. Uued tulijad, kellel on küsimusi jumalateenistuste või sündmuste kohta, jõuavad helistamisel tavaliselt kirikusekretäri juurde. Sekretär peab suutma viisakalt ja ausalt vastata küsimustele kiriku ja selle poliitika kohta. Pastoraalse nõustamise ajakava koostamine, faktide esitamine pulmade ja matuste planeerimise kohta ning küsimustele vastamine kiriku põhitõdede kohta kuuluvad kõik kirikusekretäri ametijuhendi alla.
Mõnes kirikus, eriti neis, mis on väga suured, võib kirikusekretäri määrata üksiku pastori või preestri juurde. Selline kirikusekretär on paljuski nagu isiklik abistaja. Ta juhib pastori isiklikku ajakava ning võtab vastu ja saadab pastori nimel kirja. Sekretär suhtleb teiste koguduse töötajatega ja võtab aeg-ajalt ka üldisemaid ülesandeid, näiteks aitab iganädalasi uudiskirju koostada, kuid veedab suurema osa päevast vaid ühe inimese teenimisel. Sellise struktuuriga kirikutes töötab tavaliselt mitu sekretäri: sageli üks iga kõrgema juhtkonna liikme kohta ja üks või mitu, kes istuvad vastuvõtulauas ja tegelevad üldisemate päringutega.
Kõik sekretärid peavad tavaliselt tegema koostööd, et säilitada järjepidevus nii teavitamisel kui ka ülesannete juhtimisel. See kehtib nii suurte kirikute kohta, kus on mitu sekretäri, kui ka väikeste kirikute kohta, kus mitmesugused osalise tööajaga administratiivassistendid töötavad koos, et oma tööd katta. Kiriku kantselei on enamiku kirikuorganisatsioonide lahutamatu osa ning sekretäride peamine ülesanne on tagada, et see amet oleks tõhus, tulemuslik ja abivalmis.