Süsteemiraamatupidajal on organisatsioonis kaks peamist rolli. Ta peab esmalt üle vaatama ja hindama kõik ettevõtte finantssüsteemid, -tavad ja -poliitikad. See määrab nende väärtuse ja tõhususe iseseisvate üksustena ja kogu süsteemide võrgu osana. Pärast seda analüüsi peab ta kõrvaldama halvasti töötavad süsteemid ja tavad ning töötama välja täiustatud asendussüsteemid.
Süsteemiraamatupidaja edu sõltub suuresti tema kombineeritud teadmistest infotehnoloogia, raamatupidamise ja finantsjuhtimise mõistete mõistmisel ja rakendamisel. See taust võimaldab tal tõhusalt analüüsida süsteemi jõudlust. Pärast hindamist koostab ta tavaliselt oma leidude kohta aruanded ja jagab need asjakohastele töötajatele.
Otsustamine, milliseid süsteeme asendada, võib olla heidutav ülesanne. Süsteemide raamatupidaja arutab sageli juhtide ja võtmeisikutega nende konkreetsete süsteemide plusse ja miinuseid, enne kui otsustab, kuidas edasi minna. Sõltuvalt ettevõtte suurusest ja mõjust võib ta kavandatud muudatusi arutada ka välisagentuuride või müüjatega, et teha kindlaks tema otsuste mõju nende eesmärkidele ja ootustele. Tema eesmärk on tagada kõige tõhusamate, täpsemate ja kuluefektiivsemate süsteemide olemasolu.
Süsteemide raamatupidaja peab hoolikalt hindama finantssüsteemide paljusid aspekte. Nende pika- ja lühiajaline tõhusus on võtmetegur, nagu ka see, kuidas süsteemimuudatused mõjutavad kõiki ettevõtte osakondi. Kui üks osakond kannatab teise osakonna töö parandamise arvelt, peab ta hoolikalt kaaluma, mis on mõlemale pikemas perspektiivis parim. Raamatupidaja on kohustatud kontrollima kõike alates põhilistest dokumendikontrolli funktsioonidest kuni nõutava lõppkasutaja koolituseni. Muud tegurid, mida ta peab arvestama, hõlmavad ülesandeid, mida süsteem suudab täita, selle rikkeid ja seisakuid ning seda, kas selle funktsioonid on piisavalt kaua elujõulised, et õigustada investeeringut.
Pärast muudatuste üle otsustamist ja uute süsteemide juurutamist jälgib süsteemide raamatupidaja pidevalt nende toimimist ja saab mõjutatud osakondadelt tagasisidet. Koos nende juhtide, juhendajate ja võtmeisikutega otsustab ta, millised süsteemid on edukad ja millised vajavad täiendavat ülevaatamist, täiustamist või asendamist.
Süsteemiraamatupidaja töö koosneb tavaliselt paljudest käimasolevatest projektidest, kuna osakonnad arenevad ja nende süsteemid vajavad kohandamist. Ta viib samaaegselt läbi regulaarseid tulemuslikkuse hindamisi, et kõik finants- ja raamatupidamisfunktsioonid oleksid täpsed ja tõhusad. Tehnoloogia ilmnemisel eeldatakse, et ta annab asjakohastele töötajatele edusamme nende ekspertide tagasiside ja sisendi saamiseks.
Kuna süsteemide raamatupidaja kohustused on nii mitmekesised, on sageli nõutav magistrikraad. Mõnel juhul võib vastuvõetav olla raamatupidamise või rahanduse bakalaureusekraad koos tõestatud eduga süsteemianalüüsis või arvutiteaduses.