Molekulaarsete toiduainete all mõistetakse üldiselt mis tahes tüüpi looduslikku toitu, mis on kasvatatud seemnetest, mis on läbinud tahtliku molekulaartehnoloogia protsessi. Sageli muudetakse seemneid nii, et saadud taim on vähem vastuvõtlik paljudele saaki kahjustada võivatele teguritele. Molekulaarseid toite võib muuta ka antud toote maitse suurendamiseks või lihtsalt selleks, et tagada kõrge saagisega terve saak.
Enamik toidu muutmisel kasutatavaid protseduure on seotud taime vastupidavamaks muutmisega. Valmistatud toit on vastupidavam halbadele ilmastikutingimustele, nagu põud või liigne päikese käes viibimine. Molekulaarsed toidud võivad taluda ka hallitust, lehemädanikut ja muid taimehaigusi, mis võivad põhjustada saagi ebaõnnestumist. On isegi näiteid muudetud toidust, mis on spetsiaalselt loodud mitmesuguste putukate nakatumise vastu.
Samuti on näiteid molekulaarsetest toiduainetest, mis on tugevama maitse või aroomiga kui sarnased sordid. Tugevdatud maitse ja lõhn on sageli soovitav kasutada külmutatud või konserveeritud köögiviljadega, kuna need kipuvad pärast küpsetamist rohkem maitset säilitama. Molekulaarsed toidud võivad olla konstrueeritud ka nii, et need säilitaksid toiduvalmistamise ajal rohkem värvi. Sel juhul pole roa esitlus mitte ainult maitsev, vaid ka pilkupüüdev.
Mõnel pool on terminit molekulaarne toit kasutatud toidu valmistamise meetodile, mitte toidule endale. Näiteks kui traditsioonilistele toiduvalmistamismeetoditele kasutatakse alternatiivi, näiteks sulatatud toiduvalmistamist, võib saadud roogasid mõista molekulaarse toiduna. Enamik kulinaariaeksperte kipub siiski mõtlema molekulaarsetele toiduainetele kui geneetiliselt muundatud toidule, mitte ebatraditsiooniliselt valmistatud toidule.