Pilatese juhendaja on see, kes annab õpilaste rühmale või üksikisikule põhjalikku ja praktilist pilateseõpetust. Pilates on 1920. aastatel Joseph Pilatese välja töötatud treeningprogramm, mille eesmärk on suurendada lihasjõudu, parandada kehahoiakut ja toniseerida keha, töötades spetsiaalse pilatese varustuse ja pilatese matiga. Enamik Pilatese instruktoreid on sertifitseeritud pärast pika treeningprogrammi läbimist, kuid mõned suurepärased instruktorid, kes on aastaid õpetanud, mitte. Selle põhjuseks on asjaolu, et nad võisid õpetamist alustada enne sertifikaatide olemasolu.
Pilatese juhendajaks saamiseks on soovitatav osaleda pikema aja jooksul Pilatese tundides, et teha kindlaks sobivus ja huvi programmi vastu. Lisaks õpivad paljud instruktorid enne stuudios sertifikaadi taotlemist anatoomiat ja muid sobivuse põhimõtteid; mitmed stuudiod ei võta pilatese juhendaja kandidaate vastu ilma anatoomiaalase taustata. Seejärel võib üliõpilane valida kas Pilatese mati juhendamise, mis on palju lihtsam ja odavam, või ka põhjaliku pilatese varustuse õpetuse.
Nii Pilatese mati sertifitseerimine kui ka kõikehõlmavad Pilatese seadmete sertifitseerimisprogrammid hõlmavad sagedasi pilatese tunde, nii grupi- kui ka individuaalseid tunde, samuti praktilist juhendamist, kirjalikku kursusetööd ja eksamit. Eksam koosneb ka nii praktilisest tööst kui ka kirjalikest küsimustest. Pilatese instruktori taotlejatel võib olla vaja enne sertifikaadi saamist abistada sertifitseeritud pilatese juhendajat teatud arvus klassides.
Pilatese juhendaja peab teadma Pilatese programmi enam kui 500 harjutust ning nende teostamist matil ja varustust kasutades. Ta peab ka teadma, kuidas muuta erinevate vajadustega inimeste, näiteks rasedate, vigastustega või vähenenud painduvusega inimeste või eakate inimeste liikumisi, kui nimetada vaid mõnda. Pilatese juhendajad võivad soovida lisada pilatese ka teist tüüpi treeningprogrammidesse, näiteks joogasse, kuna see on muutumas populaarsemaks.
Pilatese juhendaja võib õpetada rühmas, kus on mitu õpilast. Ta võib anda ka individuaalseid eratunde. Kui pilatese juhendaja töötab stuudios, peab ta üldiselt õpetama stuudio määratud arvu tunde, kuid paljud juhendajad on füüsilisest isikust ettevõtjad ja saavad ise oma õpetamise ajakavasid määrata. Pilatese juhendajad peaksid nautima inimestega töötamist ja neil peaks olema kirg füüsilise vormi vastu.