Harry Potteri raamatutes on mõistatuste osakond maagiaministeeriumi osakond, mis keskendub varjatud uurimistööle ja võimalusel ka arendustegevusele. Üldises võlurite kogukonnas on saladuste osakonna tööst vähe teada, mistõttu on see osakond analoogne teiste ülisalajaste valitsusasutustega üle maailma. Lugejatele tutvustatakse Harry Potteri müsteeriumide osakonda ja Fööniksi ordu.
Müsteeriumide osakonna töötajaid nimetatakse “ütlematuteks”. Nagu teisedki salajaste organisatsioonide töötajad, näib, et nad elavad suures osas suletud ja eraelu ning nad ei ole teiste ministeeriumi töötajatega sõbralikud ega suhtlevad. Ütlematuks olemise kvalifikatsioon on teadmata, kuid arvatavasti on kõnelematud väga andekad uurijad ja võlurid.
Müsteeriumide osakonda pääsemiseks sõidavad võlurid ministeeriumi liftiga alla massiivse maa-aluse kompleksi üheksandale tasemele. Üks uks avaneb suurde ringikujulisse ruumi, mis on vooderdatud rohkemate ustega. Kui uks on suletud, pöörleb ümmargune ruum, mistõttu pole võimalik teada, kust see on pärit. Filmis Harry Potter ja Fööniksi ordu kasutab Hermione Granger väga nutikalt loitsu, et teha ustele suuri leegitsevaid X-tähti, mis võimaldab noortel võluritel jälgida, milliseid uksi nad on juba proovinud.
Müsteeriumide osakonnas on palju erinevaid ruume. Tundub, et need on ette nähtud keerukate projektide ja väga arenenud maagia uurimiseks. Samuti on võimalik, et mõistatuste osakond varjab potentsiaalselt ohtlikke esemeid. Albus Dumbledore’i sõnul on ühes toas võim “üheaegu imelisem ja kohutavam kui surm” ning seda ruumi hoitakse alati lukus. Mõnda tuba on uuritud sarja viiendas raamatus Harry Potter ja Fööniksi ordu.
Üks müsteeriumide osakonna kesksemaid ruume on ettekuulutuste saal, mis sisaldab arhiveeritud ennustusi võlurite maailma kohta, mida hoitakse väikestes klaaskuulikestes. Ettekuulutusi saavad väita vaid nendega seotud võlurid. Teises ruumis on suur ajupaak seotud mõtetega, samas kui ühes ruumis hõljuvad planeedid. Ajakeerajaid ja muid ajaga seotud seadmeid hoitakse suures ruumis ning need hävivad suures osas ministeeriumis toimunud lahingu käigus. Tegelased külastavad ka ruumi, mis näib viiendas raamatus keskenduvat surmale, suure kaare küljes rippus salapärane loor.