Fundamentaalteoloogia uurib kristliku religiooni kaitsmist, eriti seoses katoliku kiriku doktriinidega. See on tihedalt seotud apologeetikaga, kuid terminit “fundamentaalne teoloogia” kasutavad peaaegu eranditult katoliiklased, samas kui apologeetika viitab mis tahes uskumuste süsteemi kaitsmisele. Samuti ei tohiks seda segi ajada fundamentalistliku teoloogiaga, mis on iga fundamentalistliku religioosse grupi veendumuste süsteem. Fundamentaalteoloogial on kolm peamist eesmärki: näidata teisistliku veendumuse kehtivust, näidata kristliku religiooni tõde üldiselt ja näidata, et katoliku kirik on ilmutuse konkreetne allikas.
Teistlike uskumuste paikapidavuse demonstreerimine läheb kaugemale püüdest tõestada mingisuguse jumaluse olemasolu. Teistlik usk ei ole selles mõttes usk mitte ainult sellesse, et Jumal on olemas, vaid ka sellesse, et Jumal jääb inimeste asjadesse või universumi jätkamisse seotuks. Fundamentaalteoloogid võivad teismi kaitsta mitmete filosoofiliste või metafüüsiliste argumentide alusel, näiteks et korra olemasolu universumis nõuab usku, et mõni Olend seda korraldab. Need võivad sisaldada ka argumente inimhinge olemuse ja moraalse vastutuse kohta Jumala ees.
Fundamentaalteoloogia teine eesmärk on näidata, et midagi jumaliku olemusest saab teada ilmutuse kaudu, eriti kristliku religiooni ilmutustes. Need argumendid keerlevad tavaliselt Piibli ajaloolisuse ja inspiratsiooni kaitsmise ümber. Apologeet võib väita, et Kristuse tulek täitis mitmed Vanas Testamendis sadu aastaid varem välja öeldud ennustused või et Vana Testamendi sündmustel, nagu näiteks veeuputuse lugu, on arheoloogilisi tõendeid, mis neid toetavad. Võib esitada mõningaid argumente Moosese seaduse moraalse üleoleku kohta teiste kaasaegsete moraalikoodeksite ees. Paljud teoloogid on välja pakkunud ka ajaloolisi tõendeid Kristuse ülestõusmise kohta.
Fundamentaalteoloogia püüab ka tõestada, et katoliku kirik, mitte ükski teine isik või institutsioon, on ilmutuse ülim allikas. Katoliiklased väidavad, et kristlus pidi olema pigem sotsiaalne struktuur kui lihtsalt individuaalne eluviis, ja et katoliku kirikul on volitused jätkata kõnelemist Jumala nimel. Sellel väitel on katoliiklaste sõnul alus nii Pühakirjal kui ka varases kirikuajaloos. Katoliiklased jälgivad paavstluse ajalugu tagasi Püha Peetruseni, kes nende sõnul sai oma volitused kirikupeana Kristuselt endalt.