Müsteeriumikirjutamise laial žanril on mitmeid alamžanre, millel on ainulaadsed ja sõltumatud omadused. Kõik müsteeriumižanrid jagavad vähimalgi määral põhimõttelist osalist arusaama loos toimuvast, nii et kogu lugu tuleb raamatu jooksul avastada. Mõningaid mõistatusžanre saab jagada probleemi tüübi, teisi seadistuste ja kolmandate inimeste järgi, kes probleemi lahendavad. Samuti on teatud alamžanre, mis töötavad müsteeriumižanri kombineerimisel mõne muu žanriga, näiteks romantikaga. Mõnikord on raamatuid, mis eiravad žanri, kuid kui need on muutunud populaarseks ja sageli korratud süžeeks, muutuvad ka need kunagised žanrivabad raamatud oma žanriteks.
Üks parimaid viise mõistatusžanrite kategoriseerimiseks on juhtumi lahendava detektiivi tüüp. Näiteks eradetektiivromaanid on populaarne müsteeriumi alamžanr, nagu ka amatöördetektiivromaanid. Mõned inimesed lähevad nii kaugele, et määratlevad kuriteo lahendaja soo žanri aspektina. Mõnes mõttes viitavad need kategooriad loomulikult seadetele, kuid romaanide sarjades reisib kuritegude lahendaja tavaliselt ringi, et pakkuda uusi väljakutseid.
Alamžanri määravaks võib pidada ka aega ja kohta, kus müsteerium juhtub. Näiteks ajaloolised müsteeriumiromaanid on üks populaarsemaid mõistatusžanre. Hubaseid müsteeriume, mis on väga täpselt piiritletud romaanitüüp, määratlevad nii nende naispeategelane kui ka väikelinna keskkond. Kauges tulevikus aset leidvad müsteeriumilood võtavad sageli ulmemüsteeriumide vormi, kuigi loo ulmeelemendid varjutavad sageli raamatu žanri määratlemisel müsteeriumielemente.
Kuigi mitte kõik müstilised lood ei hõlma kuritegu selles mõttes, et probleem oli seadusevastane, on enamik neist seotud probleemiga, mida käsitletakse nagu kuritegu. Näiteks mõrvamüsteeriume ja kapparilugusid peetakse tavaliselt žanriteks. Mõnel juhul ei pruugi kuritegu ise olla seadusega vastuolus, nagu see juhtub paljude lastega seotud müsteeriumite puhul, mis on seotud lapse tasandil kuritegudega. Laenatud mänguasi või kadunud koer võib olla laste müsteeriumi kuritegu, kuid romaanides leiduvad lapsdetektiivid lahendavad sama sageli suuri kuritegusid, mis panevad kohalike seaduste ametnikke tülli.
Lõpuks jagunevad paljud müsteeriumižanrid loo jutustamise stiili järgi. Raskeid detektiivromaane, mida tavaliselt peetakse noir-lugudeks, jutustatakse hoopis teistmoodi kui ajaloolisi romantikamüsteeriume. Erinevates kultuurides on ka mõistatusromaanide jaoks erinevad kokkulepped, kusjuures inglise ja jaapani müsteeriumižanrid on mõnevõrra erinevad. Paljudel juhtudel läbib mõistatuslugu paljusid žanre ja žanri trotsivate lugudega toimetulemiseks tuleb välja mõelda uued terminid.