Kuigi Linux® ja Windows® on mõlemad personaalarvutis kasutamiseks mõeldud operatsioonisüsteemid, on nende kahe vahel palju erinevusi. Peamine erinevus Linuxi® ja Windows® vahel on koodi saadavus. Linux® töötab GNU avaliku litsentsi alusel, mis tähendab, et selle lähtekood on juurdepääsetav kõigile, kes peaksid seda uurima või muutma. Selle operatsioonisüsteemi koodi nägemiseks peab inimene olema kuidagi ühendatud Microsoftiga, Windows®-i tootva ettevõttega.
Teine oluline erinevus Linuxi® ja Windows® vahel on saadaolevate versioonide arv. Microsoft on ainus ettevõte, mis toodab operatsioonisüsteemi Windows®, samas kui mitmed tootjad toodavad Linuxi® versioone. Inimene, kes otsustab Linuxi® oma arvutisse installida, saab valida Red Hati, Ubuntu, Debiani ja paljude teiste ettevõtete hulgast.
Värskenduste saadavus varieerub ka Linux® ja Windows® vahel. Windows®-i uus versioon kipub välja tulema iga paari aasta tagant, kuna Windows 98® asendas Windows 95® ja Windows Vista® 2006. aastal XP®, mis ilmus 2001. aastal. Linuxi® uued versioonid, mida nimetatakse distributsioonideks, kipuvad olema ilmuma poolaastas. Täiesti uue operatsioonisüsteemi ostmise asemel saab Linux®-i kasutaja tavaliselt alla laadida ja installida uue distributsiooni oma värskendushaldurist. Linuxi® ja selle uute distributsioonide installimine on tavaliselt tasuta.
Uue distributsiooni installimine värskendushaldurist säilitab inimese failid ja eelistused. Inimene, kes kasutab Windows®-i ja vajab versiooniuuendust, saab tavaliselt ka oma faile ja andmeid säilitada, minnes ühelt versioonilt teisele. Lihtne uuendamine pole aga alati võimalik. Mõnel juhul võib kasutajal olla vaja Windowsi® vanem versioon täielikult desinstallida ja seejärel uus installida, mille tulemuseks on andmete kadu.
Turvaohtude käsitlemine on Linux® ja Windows® puhul erinev. Kuna Linux® on avatud lähtekoodiga ja igaüks pääseb koodile juurde selle parandamiseks, lahendatakse turvaprobleemid ja uus kood avaldatakse palju korrapärasemalt kui Windows® puhul. Windows® annab tavaliselt igakuiselt välja veaparandused ja turvapaigad ning probleemide lahendamiseks kulub rohkem aega. Aeglasem turvarikkumiste parandamise kiirus annab häkkeritele ja teistele pahatahtlikele kavatsustele suurema võimaluse rünnata pahaaimamatute arvuteid.
Linux® ja Windows® erinevad ka selle poolest, kuidas nad kasutajale andmeid esitavad. Kuigi mõlemad operatsioonisüsteemid võimaldavad kasutajal valida käsurea liidese ja nn graafilise kasutajaliidese (GUI) vahel, sisaldab käsurea liides ainult teksti ja see võib olla Windows®-i kasutajatele tuttav MS-DOS-ina. GUI on paljudele arvutikasutajatele tuttav töölaud koos oma ikoonide ja piltidega. Linux®-il on kasutajatele rohkem võimalusi nii GUI kui ka käsurea jaoks.