Kuigi MHTML-kodeeritud fail sisaldab osi, mis on puhas HTML-kood, võib MHTML-i HTML-iks teisendamisel tekkida probleeme. Mitmed programmid on võimelised lugema MHTML-i ehk mitmeotstarbelisi Interneti-posti laiendusi (MIME) HyperText Markup Language (HTML) – faile ja tuletatud vorminguid, kuid faili sisu HTML-i teisendamiseks ja kirjutamiseks on vaja spetsiaalset tüüpi programmi. Võib tekkida probleeme, kuna veebisaidi digitaalsed andmed on faili kodeeritud ja veebisaidi rekonstrueerimine kogu teabe õigete linkidega kohapeal võib olla hirmutav ülesanne. Enamiku operatsioonisüsteemide jaoks on olemas programmid, mis võimaldavad MHTML-ist HTML-i teisendada, kuigi kasutajalt võib vaja minna lisatööd.
Failide MHTML-ist HTML-i teisendamise peamine probleem on faili kirjutatud binaarandmed. Andmed salvestatakse viisil, mis võimaldab MHTML-faili lugeda ja veebibrauseris kuvada, kuid ei muuda sama faili teisendamist lihtsaks. MHTML salvestatakse teatud tüüpi manustatud koodina, mis kasutab digitaalsete failide asukoha korraldamiseks erinevaid muutujaid. Binaarne teave, näiteks võrgus olev pilt, salvestatakse algsele veebisaidile koos linkidega veebipõhistele asukohtadele. See teave eemaldatakse ja tõlgitakse MHTML-failidega kohalikeks muutujateks, mistõttu on keeruline binaarmeediumit HTML-dokumendis õigesse asukohta ja vormingusse sobitada.
Saadaval on vähe programme, mis suudavad MHTML-i HTML-iks teisendada. On pistikprogramme ja muid lisandmooduleid, mis võimaldavad programmil faili laadida, redigeerida ja seejärel uuesti MHTML-i uuesti salvestada, kuid on vaid käputäis eraldiseisvaid programme, mis proovivad seda HTML-i teisendada. Sageli nõuavad need programmid, et kasutaja vaataks koodi, et teha kindlaks, kuhu binaarfailid koodis paigutada, võimaldades neil lehekülg arhiivist rekonstrueerida.
Kõiki veebilehti ei saa MHTML-failina täpselt salvestada. Mitmesugused keerukad vormingud, mida saab veebisaidile meediumiks manustada, ei salvesta korralikult, kui üldse. See hõlmab Java®-aplette, voogesitusmeediat ja paljusid skripte, mis põhinevad muudel serveris olevatel failidel, millele sirvimisarvutil puudub juurdepääs.
Kõige tõhusam viis MHTML-i teisendamiseks HTML-iks on leida eraldiseisvad programmid ja pistikprogrammid, mis teisendavad failid järk-järgult ühest vormingust teise ja lõpuks ka HTML-i. Teatud operatsioonisüsteemid ei toeta isegi MHTML-faile nende enda brauserites. Kui kõik muu ebaõnnestub, on võimalik failis olevat binaarset MIME-teavet käsitsi dekodeerida käsitsi 64-aluselise dekoodriga, eraldada ainult HTML ja proovida arhiivis hoitavat veebisaiti käsitsi rekonstrueerida, kuid see protsess oleks väga töömahukas.