Varased suurarvuti arvutiprogrammid sisaldusid papist perfokaartide virnades. Kuigi nende sel otstarbel kasutamisest on möödunud palju aastaid, on perfokaartidel ikka veel vähe kasutusalasid ja neid kasutatakse enim mõnes hääletusmasinas.
Perfokaardid leiutati tegelikult enne elektroonilisi arvuteid. Algselt Herman Hollerithi patenteeritud perfokaarti kasutati esmalt koos tabelimasinatega elutähtsa statistika salvestamiseks New Yorgi tervishoiuametis ja hiljem, 1890. aasta rahvaloendusel. Idee sai Hollerith tegelikult žakaarkangastelgedes kasutatavatest kaartidest, mis kasutavad kaarte kudumismustri juhtimiseks.
Hollerith leiutas elektromehaanilised masinad, mis sisaldasid mulgustusseadet, tabelimasinat ja sorteerimismasinat, mida sai kasutada statistika kogumiseks ja salvestamiseks. Tema ettevõttega Tabulating Machine Company liitus hiljem Thomas Watson, kes nimetas ettevõtte hiljem ümber International Business Machines (IBM).
Veergude suurus ja arv on aastate jooksul muutunud, 1890. aasta rahvaloendusel kasutatud algsel kaardil oli 20 veergu, millest igaühel oli 10 löögiasendit. Kaasaegsete operatsioonisüsteemidega on paar huvitavat paralleeli. 1928. aastal tutvustas ja patenteeris IBM 80 veeruga kaardi, mis kasutas ümmarguste aukude asemel ristkülikukujulisi auke, mis oli märkimisväärne, kuna piiras IBMi konkurendid vanema, mitteühilduva ümarate aukude vorminguga.
Remington Rand kavandas konkureeriva vormingu, mis võimaldas 90 veerukaardile salvestada 45 veergu teksti, mis oli tegelikult suurepärane disain, kuid IBMi turgu valitseva seisundi tõttu ei kasutatud seda nii sageli. Kaarditöötlus ei eeldanud ilmtingimata arvuti kasutamist. Mõned jaemüügirakendused kasutasid näiteks kaartide sorteerimis- ja tabelimasinat raamatupidamisfunktsioonide jaoks, näiteks mitme kategooria kaartide hinnaväljade liitmiseks.
Programmeerimiskeeled nõudsid varajase fikseeritud formaadiga kaartide üleminekut vabas vormingus kujundusele ning standardiseeritud arvutikeelte (nt FORTRAN ja COBOL) väljatöötamisega muutusid üldlevinud perfokaardid.
Alles 1970. aastatel hakkasid suured andmetöötlustoimingud minema perfokaartidelt magnetlindile salvestatud andmetega osaajakasutuskeskkondadele.
Hoolimata aastate jooksul tekkinud probleemidest kasutatakse perfokaarte endiselt laialdaselt hääletusmasinates. 1968. aasta üldvalimistel Detroidis leotas vihmatorm ühe partii hääletussedeleid ja 2000. aasta presidendivalimistel tekkisid küsimused nende täpsuse ja tõhususe kohta võrreldes kaasaegsemate süsteemidega.