Nuhkvara ja viiruste arvutist eemaldamiseks on mitmeid erinevaid näpunäiteid ja soovitusi. Viirusetõrjeprogrammi ajakohastamine on üks olulisemaid näpunäiteid nii nuhkvara ja viiruste ennetamiseks kui ka eemaldamiseks. Kui arvuti on nakatunud, võib sageli osutuda vajalikuks nuhkvara või viirus arvutist eemaldada, käivitades süsteemi turvarežiimis või kettalt. Ehkki see ei pruugi arvutist nuhkvara ja viiruste eemaldamiseks sobida, on üks parimaid näpunäiteid arvutikasutajatele harjutada hoolikalt arvutikasutusharjumusi, et vältida enamikku pahatahtlikku tarkvara.
Nuhkvara ja viiruste eemaldamine võib olla üks raskemaid ja ebameeldivamaid toiminguid, mida arvutikasutaja kunagi tegema peab. Kui pahatahtlik tarkvara on ennast arvutisse installinud, võib selle tarkvara eemaldamine olla üsna keeruline ja võib nõuda palju pingutusi. Arvutisse peaks olema installitud suurepärane viirusetõrjeprogramm ja seda programmi tuleks ajakohasena hoida. Uusi viiruseid ja nuhkvara avastatakse murettekitava sagedusega; nuhkvara ja viiruste õige eemaldamise tagamiseks süsteemist peab selle süsteemi viirusetõrjeprogramm suutma tuvastada arvutis uue pahatahtliku tarkvara.
Pahatahtlik tarkvara ei suuda sageli mitte ainult muuta arvuti toimimist, vaid ka peita end arvutisüsteemis ning muuta nuhkvara ja viiruste eemaldamise keerulisemaks. Seda saab teha mitmel erineval viisil, kuigi üks levinumaid on see, et viirusprogramm peidab installitoimingu enda eest operatsioonisüsteemi (OS) alglaadimisprioriteetide alla. Kui see on tehtud, kui viirus arvutist eemaldatakse, installitakse viirus arvuti taaskäivitamisel ja OS taaskäivitamisel uuesti. Selle probleemi lahendamiseks ning nuhkvara ja viiruste nõuetekohase eemaldamise tagamiseks saab arvuti käivitada turvarežiimis või OS-i kettalt, mis möödub viiruse loodud installijuhisest, ja seejärel käivitada viirusetõrjeprogramm.
Kuni kõvakettal olevad olulised andmed on korralikult varundatud, saab nuhkvara ja viiruste eemaldamist hõlbustada ka ketta ümbervormindamisega. See on äärmuslik meede, kuid on üks viis tagada, et pahatahtlik tarkvara on eemaldatud. Samuti on tavaliselt lihtsam vältida nuhkvara ja viiruste täielikku eemaldamist, kui järgite turvalisi arvutiharjumusi, eriti Interneti-juurdepääsu ajal. Vältida tuleks veidraid linke ja kahtlaseid kirju, samuti võib päris palju kasu olla viirusetõrjeprogrammist, mis veebilehti ja linke skannib.