Soja ohtlikkus meestele on tingitud naissuguhormooni östrogeeni kõrgest tasemest, mida soja ja sojapõhised tooted sisaldavad. Peamiselt mõjutab soja meeste sperma kvaliteeti ja kontsentratsiooni, eriti kui seda võetakse suurtes kogustes või kui katsealune puutus emakas kokku suure kogusega. Hiljuti Harvardi ülikoolis tehtud uuring näitas, et madala spermatosoidide arvuga meeste ja suure sojatoitude tarbimise vahel on kindel seos. Uuring näitas, et täiskasvanud mehe keskmine spermatosoidide kontsentratsioon 80–120 miljonit millimeetri kohta vähenes enam kui poole võrra, kui soja oli osa toidust. Juhtum on mõjuvam rasvunud meeste uurimisel, kelle spermatosoidide tase on rasvkoe östrogeeni tootvate omaduste tõttu veelgi madalam.
Teadlased usuvad, et sperma kehvas kontsentratsioonis on süüdi sojas leiduvad isoflavoonid (daidzeiin, genisteiin ja glütsitiin). Need isoflavoonid toimivad nagu östrogeen ja seetõttu pärsivad nad sperma tootmist. Lisaks on Londoni King’s College’i professor Lynn Fraser hoiatanud isolflavoongenisteiini kohta, mis arvatavasti võib kaasa aidata sperma ebaõnnestumisele munaraku viljastamisel. Need leiud põhinesid aga katseklaasipõhistel katsetel ja sojatööstuse organid on väitnud, et sojapõhistes toodetes leiduv genisteiin reageerib erinevalt isoflavoonide puhtal kujul, mida uurimuse läbiviimiseks kasutati.
Soja leidub kõige rohkem sellistes toiduainetes nagu sojaoad, tofu, tempeh, tofu või sojavorstid, peekon, burgerid, sojapiim, juust, jogurt, jäätis ja pähklid. Sojat ja soja derivaate leidub aga ligikaudu 70% kõigist toiduainetest ja seetõttu võib nende tarbimise vähendamine olla keeruline. Näiteks sealihapirukad, hommikusöögihelbed, majonees ja margariinid, vorstid, lasanje, veiselihaburgerid ja kanatükid on mõned toiduained, mis toetuvad sojale kui odava valgu allikale. Soja derivaat letsitiin on oma tõhususe tõttu emulgaatorina levinud ka pagari- ja kondiitritööstuses.
Tuleb märkida, et soja on Aasia toitumise põhialuseks ja nendes riikides pole leitud olulisi kõrvalmõjusid. Siiski on kasulik meeles pidada, et Aasia sojadieet põhineb suures osas kääritatud sojatoodetel, nagu misosupp ja tofu; arvatakse, et käärimisprotsess hävitab ülaltoodud katsetes kahjulikuks peetud kemikaalid.