Erinevate saasteainete eemaldamiseks on ette nähtud mitut tüüpi kaevuvee filtreerimist. Erinevad meetodid on võimelised eemaldama erinevaid lisandeid, kuid ükski filtritüüp ei suuda eemaldada kõiki võimalikke saasteaineid. Seetõttu on enne filtreerimissüsteemi valimist oluline teada, millised ained on olemas.
Üks levinumaid põhjuseid kaevuvee puhastamiseks on raua ja mangaani eemaldamine, mis sageli ümbritsevast pinnasest ja kivimitest põhjavette leostuvad. Raud ja mangaan, mida tavaliselt leidub kaevuvees, ei ole tervisele ohtlikud, kuid liiga palju võib anda veele punakaspruuni varjundi ning määrida pesu, vannid ja valamud. Lämmastikku ja vesiniksulfiidi leidub aeg-ajalt ka kaevuvees. Vesiniksulfiid põhjustab mädamunadele sarnast lõhna, samas kui liiga palju nitraate võib põhjustada methemoglobineemiat, mida tavaliselt nimetatakse sinise beebi haiguseks. Tavaliselt ei kasutata kaevuvee filtreerimist bakteriaalse saastumise korral, kuna põhjavees on üldiselt väga madal bakterite kontsentratsioon.
Mõned levinumad filtrimaterjalid on granuleeritud aktiivsüsi (GAC), mangaanroheline liiv ja BIRM. GAC-i töödeldakse nii, et sellel oleks suur pindala, mis põhjustab selle kõrge neeldumisvõime. See võib kinni püüda mitmesuguseid saasteosakesi, sealhulgas rauda, mangaani, vesiniksulfiidi ja kloori. GAC-i puuduseks on see, et seda tuleb regulaarselt vahetada.
Mangaani rohelist liiva kasutatakse raua ja mangaani eemaldamiseks veest. Glaukoniit, mangaanirohelise liiva keskkonnas sisalduv aktiivne materjal, reageerib lahustuva raua ja mangaaniga, moodustades nendest ainetest lahustumatud versioonid, mis jäävad filtrimaterjali sisse. Mangaanroheline liiv toimib suures kontsentratsioonis rauda ja mangaani ning eemaldab täielikult saasteained. Filtri korralikuks töötamiseks on üldjuhul vaja regulaarset hooldust.
BIRM on teine filtermaterjal, mida kasutatakse peamiselt raua ja mangaani eemaldamiseks. See katalüüsib raua või mangaani ja hapniku vahelist reaktsiooni. Oksüdatsiooniprotsessi käigus moodustub lahustumatu raud ja mangaan, mis seejärel filtrisse püütakse. Seda tüüpi kaevuvee filtreerimine nõuab ka regulaarset hooldust filtreeriva materjali puhastamiseks.
Anioonivahetus ja ioonivahetus, tuntud ka kui vee pehmendamine, on kaks sarnast töötlemismeetodit, mis töötavad erinevate saasteainete eemaldamiseks. Mõlemad meetodid eemaldavad saasteosakesed, kui vesi läbib laetud vaigukihi. Ioonivahetus kasutab positiivselt laetud ioonide, sealhulgas raua, mangaani, kaltsiumi ja magneesiumi kinnipüüdmiseks negatiivselt laetud materjali, samas kui anioonivahetus kasutab negatiivselt laetud ioonide, sealhulgas nitraadi, sulfaadi ja fluoriidi, hõivamiseks positiivselt laetud vaiku. Mõlemat tüüpi töötlemine võib põhjustada vee söövitamist ja suurendada selle naatriumisisaldust.
Pöördosmoos (RO) on kaevuvee filtreerimismeetod, mis kasutab selektiivmembraani. Survet kasutatakse vee surumiseks läbi selle õhukese materjali, jättes ühele küljele saasteained, samal ajal kui puhtam vesi läbib. RO võib eemaldada mitmesuguseid saasteaineid, sealhulgas rauda, mangaani, nitraati, sulfaati, naatriumi, fluoriidi, kloriidi, raskmetalle ja mõningaid orgaanilisi aineid. Teisest küljest ei ole pöördosmoos sageli majapidamises kasutatavate puhastussüsteemide jaoks mõistlik valik, kuna RO-seadmed on kallid ja nõuavad suures koguses vett.