Emakavalu pärast vahekorda on tavaliselt põhjustatud liiga karedast või jõulisest suguühest ning seda saab vältida lihtsalt vahekorra ajal kasutatavate tehnikate kohandamisega. Seda tüüpi valu kõige levinumad meditsiinilised põhjused on endometrioos, munasarjatsüstid ja fibroidkasvajad. Valu võib olla tingitud ka sugulisel teel levivast haigusest (STD). Mõnel juhul on valu põhjustatud kaasasündinud defektidest. Günekoloogilt läbivaatuse ja STD-testi saamine on parim viis ebamugavuse täpse põhjuse tuvastamiseks.
Väljaspool karmi vahekorda on ebamugavuse kõige tõenäolisem põhjus endometrioos, tavaline seisund, mille puhul emakavälistel elunditel kasvavad endomeetriumi koega sarnased rakud. Munasarjad, emaka taga olevad alad ja jämesool on kõige sagedamini mõjutatud osad. See põhjustab kasvajate teket, mis surve all, nagu vahekorras, võivad põhjustada märkimisväärset valu. Kuigi endometrioosile ei ole otsest ravi, võivad sellised ravimid nagu mittesteroidsed põletikuvastased ravimid (MSPVA-d) pakkuda ajutist leevendust emakavalule pärast seksuaalvahekorda.
Munasarjatsüstid võivad põhjustada valu ka muidu terves emakas, eriti vahekorra ajal või pärast seda. Need vedelikuga täidetud kotikesed asuvad munasarja pinnal. Kuigi vähestel tsüstidel on märgatavaid sümptomeid, võib kasvu surve või kahjustamine põhjustada valu ümbritsevates piirkondades. Näiteks võib vahekord põhjustada munasarjatsüstide rebenemist, verejooksu või keerdumist. Kui pärast vahekorda esineva emakavaluga kaasneb palavik või oksendamine, peavad isikud pöörduma viivitamatult arsti poole.
Emaka fibroidid on veel üks võimalik emakavalu põhjus pärast seksi. Kuigi need aeglaselt kasvavad mittevähilised kasvajad põhjustavad harva olulisi sümptomeid, teatab ligikaudu 25% emaka fibroidiga patsientidest valu. Fibroidid saab tuvastada günekoloogilise läbivaatuse kaudu; kõiki diagnoosimise ajal avastatud kasvajaid saab eemaldada operatsiooniga.
Kui pärast vahekorda tekkiva emakavaluga kaasneb ebanormaalne tupest väljumine, võib patsient olla nakatunud klamüüdia nime all tuntud STD-ga. Klamüüdia on bakteriaalne infektsioon, mis levib vaginaalse või anaalse vahekorra kaudu. See suguhaigus ei põhjusta alati sümptomeid, mis võimaldab kahjustada suguelundeid enne, kui patsient tunneb, et midagi on valesti. Ravimata jäetud klamüüdia võib põhjustada vaagnapõletikku või emakakaelapõletikku, mis mõlemad võivad põhjustada valu pärast vahekorda.
Mõned patsiendid võivad sündida füsioloogiliste defektidega, mis võivad kaasa aidata sünnitusjärgsele ebamugavusele. Näiteks retrovertne emakas on emakas, mis kaldub tahapoole vaagnasse. See seisund võib mõnikord põhjustada emakavalu pärast vahekorda, kuna see avaldab survet pärasoolele ja ümbritsevatele sidemetele. Valu saab ära hoida asendite muutmise või emaka õigesse asendisse viimise kirurgilise protseduuriga.