Avatud lähtekoodiga rakendusserver on loodud töötama koos hostitud rakendustega ja õige rakendusserveri valimine võib aidata ettevõtet ja selle võrgus kohalolekut. Avatud lähtekoodiga rakendusserver on loodud rakendust majutama, nii et tavaliselt peab see rakenduse korrektse toimimise tagamiseks teadma levinumaid programmeerimiskeeli. Kui rakendusserver pöördub andmebaasi, võib üleliigne teave aeglustada protsesse ja koondamise kontrollija võib aidata programmi optimeerida. Paljud häkkerid üritavad süsteemist läbi pääseda rakendusserveri kaudu, seega on tavaliselt vaja tõhusat turvalisust. Kuigi avatud lähtekoodiga rakendusserver võib olla sama hea kui väljakujunenud ettevõtte loodud server, võib muretseda ka kvaliteediprobleemide pärast.
Kui rakendust majutatakse avatud lähtekoodiga rakendusserveris, peab server tavaliselt mõistma rakenduse koostamiseks kasutatavat keelt. Näiteks kui programmeerimiskeel on serverile tundmatu, võivad mõned funktsioonid puududa, rakendus võib kasutamise ajal kokku jooksma või see ei käivitu kunagi. Mõned rakendusserverid võimaldavad kasutajatel allalaadimiste kaudu uusi programmeerimiskeeli lisada, kuid see on haruldane, mistõttu peaksid kasutajad valima rakendusserverid, mille keel on nende kõige sagedamini kasutatav keel.
Rakenduse kasutamise ajal on tavaline, et server pääseb andmebaasile juurde kas teabe tõmbamiseks või salvestamiseks. Kui avatud lähtekoodiga rakendusserveril pole koondamise kontrollimise funktsiooni, võib see toiminguid aeglustada. Näiteks kui andmebaasi lisatakse teave, mis on sama, mis varem salvestatud teave, võib see anda andmebaasile lisakaalu, mida pole vaja. Lisaks andmebaasi kiiruse mõjutamisele võib see mõjutada ka rakendust.
Tavaliselt on kasutajatel lubatud põhijuurdepääs avatud lähtekoodiga rakendusserverile, nii et häkkeritel on süsteemist veidi lihtsam pääseda. See tähendab, et tavaliselt on vaja hankida teatud kaitsega rakendusserver. Enamikul rakendusserveritel on põhilised turbetööriistad, kuid häkkerite serverist läbimurdmise vältimiseks võivad täiustatud tööriistad olla paremad.
Avatud lähtekoodiga programmina võib avatud lähtekoodiga rakendusserveril olla programmeerimisvigu, mida enamikul suletud lähtekoodiga programmidel ei ole. Seda seetõttu, et inimesed, kes on huvitatud rakendusserveri loomisest – mitte ettevõttest, mis soovib serveriprogrammi avalikkusele müüa – loovad enamiku avatud lähtekoodiga programme. Enne rakenduseserveri programmi valimist peaksid kasutajad vigade kontrollimiseks serveriga ringi mängima.